偏偏这灵帝又比其他皇帝懒一些，所以曹操的议郎当得是格外清闲。但尽管如此，曹操还是把握住机会做了两件惊天动地的大事：一是为大将军窦武、太傅陈蕃上书鸣冤；二是直言三公举荐不当。
窦武和刘淑、陈蕃合称三君，是当时非常有名望的人。窦武和陈蕃谋划诛杀宦官清正风气，不料反为宦官所害。曹操再次对宦官势力出击，试图给党人翻案，后来又多次上书进谏，说像窦武陈蕃这样的正直为官的人惨遭陷害，致使奸邪之徒满朝遍野，忠良之人却得不到重用，灵帝听了很感动，但是无情的拒绝了他。
这件事让曹操消极了一阵子，他大概不明白为什么有些事明明就摆在眼前，是人人都知道的事情，可就是无论如何也扭转不了。到了光和五年，皇帝下诏说凡是治理不好的官员，辖内一经出现老百姓编歌谣讽刺的立即罢免。于是三公大臣趁机大捞好处，下面的官员为了保住官位货赂并行，三公贪赃枉法不秉公办事，这些都被曹操看在眼里，三番四次上书皇帝，虽然得到了皇帝的认可，但是却收效甚微，甚至还引起了宦官势力的反扑，致使司徒陈耽被陷害惨死狱中，曹操再次躲在家族的庇护下躲过一难，但这次之后使他非常沮丧，消沉了很多时日，那时候京中便再无曹操的音讯传来，好像一夜之间那个棒杀权贵雷厉风行的北部尉从来没有出现过一样，朝廷日益腐败，已经到了毫无公理可言的地步了。
兴许那时候曹操突然就悟透了，汉室沉疴宿疾已经到了无可救药的境界，而汉家王朝已经到了无法匡正的地步了。