议，判处无效。
451年，东罗马皇帝玛尔先在迦克敦重新召开第四次大公会议，大主教亚那多留主议，370人左右参议。确定单性论为异端，道高的亚历山大港主教职务被罢免。罗马、君士坦丁堡、亚历山大港、安条克、耶路撒冷五大牧首管区制度的前身确立。同时罗马主教利奥一世为首的23位主教，起草完成《迦克敦信经》。而亚历山大港主教兼任，原与普世牧首、教皇三权分立的大公裁判职务则自此形同虚设。
会后，拒绝与支持双方将亚历山大港分成继承道高主张的科普特正教会、希腊正教会亚历山大港牧首管区，安条克教会分为叙利亚正教会、希腊正教会安条克牧首管区。而继承十二使徒里圣巴尔多禄茂与圣达陡、最早国家教会的亚美尼亚宗徒教会，继承自圣多默的印度教会，以及后来埃塞俄比亚帝国的国家教会埃塞俄比亚正教会，也相继脱离普世牧首管区。
476年，西罗马帝国灭亡，四年后彻底毁灭，东罗马拜占庭帝国成为唯一的继承者。而罗马教会逐渐在西罗马范围成为政治势力，单性论思想也仍在亚历山大港占据主流。550年，皇帝查士丁尼一世收复罗马及亚平宁半岛。553年，查士丁尼在君士坦丁堡召开第五次大公会议，大主教奥提楚主议，商讨单性论与双性论共融，统一国内思想。但会后争议继续。
565年，查士丁尼死去。帝国逐步瓦解。680年到681年，皇帝君士坦丁四世在君士坦丁堡召开第六次大公会议，大主教额我略一世主议，基于叙利亚、埃及等保留单性论的领土被伊斯兰教势力侵略占领，决定放弃合议和收复，宣判单性论作异端思想。教会也迎来第三次分裂。同时，追加支持单性论，但死去的前罗马主教霍诺略异端罪，时任罗马主教利奥二世批准。
726年，罗马伊苏里亚王朝首任皇帝利奥三世基于偶像崇拜的嫌疑，下令禁止礼拜圣像。730年，圣像破坏运动开始，大主教日耳曼一世因反对被罢免，自白者巴西尔、大马士革主教若望被捕。反对破坏运动的势力被镇压。741年，君士坦丁五世继任后，陆续处斩反对者。但民众长年养成的信仰习惯并未因皇帝的政策而废去。君民矛盾加剧。
752年，教皇国基于丕平献土成立。至此，罗马、亚历山大港、安条克、耶路撒冷全部脱离罗马帝国，成为自治教会。国家教会瓦解。780年，罗马皇帝君士坦丁六世继任，基于信徒、神职人员对圣像破坏运动的抵触情绪，找到母亲伊琳娜女皇商议废止禁令。787年，君士坦丁与伊琳娜在以弗所召开第七次大公会议，大主教泰腊修、罗马主教爱德盎一世的使节主议，毁坏圣像被判为异端思想。东部教会礼拜生活恢复正常。
公元9世纪，因三位一体的圣神是从父来，还是从父和子来的“和子说”争议，以及基督信仰传入保加利亚、基辅罗斯后的教会斯拉夫语礼拜是否合理等问题，东、西教会的分化继续加剧。820年，东正教会及东欧世俗社会历史上的伟人佛提乌出生。佛提乌任职帝国大学的哲学教授，他对外反对罗马的和子说，对内资助西里尔与美多德去斯拉夫人地区宣道、收集7世纪因战乱遗落各地的古希腊文献、拓展教会的势力范围。
851年，佛提乌担任帝国大法官。858年，皇帝米海尔三世废黜大主教依纳爵，改立非神职人员的平信徒佛提乌，遭到依纳爵所在修道会为主体的群体不满。依纳爵势力与罗马势力联合。867年，罗马主教尼阁老一世宣布废黜佛提乌。869年，皇帝巴西尔一世为改善与罗马的关系，而在君士坦丁堡召开召开第八次大公会议，罗马主教使节主议。会后，佛提乌被判处为异端。而经过此事，强调正统的东正教会与强调至公的天主教会两个宗教政治势力基本定型。
879年，皇帝巴西尔重新召开第八次大公会议，基于前次会议结束后希腊方面的