，往往有妇女受不住日军的折磨而死。除此之外，日军还强迫**行为，估计当时发生的强暴案可能过20000宗。
当时，南京有一个安全区。由国际人士组成，多为美国人和德国人，这些人亲眼目睹了这一历史惨剧。
1937年12月19日，安全区国际委员会委员，美国牧师约翰。马吉致家人的信中这样写道：“过去一个星期的恐怖是我从未经历过的，我做梦也没想到过日本兵是如此的野蛮。这是屠杀、强jian的一周。我想人类历史上已有很长时间没有发生过如此残暴的事了，日本兵不仅屠杀他们能找到的所有俘虏，而且大量杀害了不同年龄的平民百姓。就像在野外猎杀兔子一样，许多百姓在街上被日本兵随意杀掉。从城南到下关，整个城市到处都是尸体。”
鼓楼医院的医生威尔逊医生写信给妻子：“今天是当代但丁炼狱的第六天，是用血腥和淫秽的大字写成的。大批人被屠杀，成千上万妇女被强jian。”19日，他又写道：“穷人的食物都被抢光了，他们处于歇斯底里的惊恐之中，何时是尽头？”
12月21日，威尔逊医生又在信中写道：“今天是一年中白昼最短的一天，但仍包含着人间炼狱的落个小一一一前天在小山坡上，一位已经怀孕7个半月的19岁少妇，抗拒两个日本兵的强jian。她面部被砍了18刀。腿上也有几处刀伤，腹部也有很深的一个刀口”
40岁的贝德士强忍悲愤，逐日登记日军暴行并写信向日本大使馆提出抗议：
12月15日，安全区卫生委员会第二区6名清道夫，在鼓楼住处被日本兵毫无理由的杀害。
12月15日夜，７名日本兵闯入金陵大学图书馆，突然扑向７名女难民，其中3名被奸污。
12月14日夜，日本兵闯入中国人住宅，强jian妇女并强行带走妇女的事件不断发生。由此产生大混乱。
12月15日正午，日本兵闯入饷银巷路中国人住宅，拉来1名少女强jian，两小时后离去。
12月15日夜，3名日本兵闯入钢银巷路中国人住宅，强jian 3名妇女。
12月17日，日本兵闯入汉口路中国人住宅，强jian 5名少妇，并拉走３名妇女，其中两人的丈夫追上日本兵，但都被枪杀。
而就在中华民族经历这场血泪劫难的同时，文化珍品也遭到了巨大的掠夺。据查，日本侵略者占领南京以后，派出特工人员330人、士兵367人、苦工830人。从1938年３月起，花费一个月的时间。每天搬走图书文献十几卡车，共抢去图书文献88万册，过当时日本最大的图书馆东京上野帝国图书馆85万册的藏书量。
战后，据统计国际红十字会在南京城内外掩埋尸体总计43121具，南京红十字会收埋22371具，慈善机构崇善堂收埋112267具，慈善机构同善堂共埋尸7000余具，鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”名义掩埋回族尸体400余具。仅此5个慈善团体收埋尸体就达18。5万余具。另有中国平民苗芳缘、张鸿儒组织难民30余人掩埋尸体7000具；湖南木商盛世征雇工，收埋上新河地区死难者遗体28730具。
此外，日军支持的愧儡政权对尸体也进行了掩埋。如伪下关区公所在下关、三汉河一带收埋尸体3240具；第一区公所在城东南一带收埋尸体1233具；南京市政公署命伪卫生局于1939年1月收集中山门外灵谷寺一带遗骨3000具，葬于灵谷寺之东，立“无主孤魂碑”记录埋尸经过。
南京沦陷前，日军曾在上海、苏州、嘉兴、杭州、绍兴、无锡、常州等地屠杀平民。有日本部分历史学家曾经怀疑中方声称的三十万被杀平民，实际上包括了这批南京以外被杀的华东人口。但是中国历史学家经过长期调查认证，认为华东地