战结束后，中G军队向南京方向溃退，中国当时的都南京处于日军的直接威胁之下。由于从上海的撤退组织的极其混乱，中G军队在上海至南京沿途未能组织起有效抵抗。中国将领唐生智力主死守南京，主动请缨指挥南京保卫战。11月20日国民政府宣布迁都重庆。
经过淞沪会战三个月屡战。日军也损失甚巨，日本参谋本部原计划让上海日军“凯旋归国”并没有进攻南京的计划。11月７日，日本参谋本部给上海派遣军和第十军的命令是：“扫荡上海附近之敌 追击的战线为苏州、嘉兴以东”，然而日军中下级军官不愿就此罢休，11月22日的第十军军团扩大会议达成决议：“全军独断敢行，全力向南京方向追击。”12月1日，松井石根致电多田骏：“为了尽快解决事变，要求军部批准向南京进军和占领南京。”12月13日，日本参谋本部正式下达占领南京的命令。
日军经过数月连续作战，此时进攻上海以西数百公里的南京，几乎没有后勤支持。日军军官称：“粮草不足就现地解决，弹药不足就打白刃战。”在西进途中，日军抢劫、杀害平民、强暴妇女的暴行已经开始。自从命令下达后，罪恶感就消失了，军人们变成了到处偷袭抢夺谷物、家畜来充饥的匪徒。这个就地征收的命令，使下级军官发狂，不但抢夺粮食，并且强暴了中国妇女，对于反抗的人就以武力解决。
1937年12月13日，南京在一片混乱中被日军占领，日军在华中方面军司令官松井石根指挥下，在南京地区烧杀淫掠无所不为。
12月15日日军占领第３天：已放下武器的中G军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，多当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样接受焚化。当夜，解往鱼雷营的中国平民及已解除武装的中G 军人9000余人被日军屠杀。，又在宝塔桥一带屠杀３万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。
12月16日日军占领第四天，于南京安全区内的华侨招待所中躲避的中国男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、粱廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400人，在阴阳营屠杀100多人。
12月17日日军占领第五天：中国平民3000余人被日军押至蝶炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余中国难民被集体射杀。
12月18日日军占领的第6天夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的中国难民男女老幼共400人，除少数已被饿死或打死，全都用错丝捆扎。驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀的100余人。
1937年12月13日，《东京朝日新闻》即现在《每日新闻》报道两名日本军官的“杀人竞赛”日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从句容杀到汤山，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100人，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田毅杀了105伤人。向井敏明杀了106伤人。又因确定不了是谁先达到100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150中国人。这些暴行都一直在报纸上图文并茂连载，被称为“皇军的英雄”。
此外，日军侵占南京期间强jian了成千上万的妇女，他们不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴。有些妇女被日军强jian了好几次