兵部取代五军都督府，成为各地卫所军的实际统辖者，因此，国防部还要负责管理旧军，并与司法部对接，将他们逐步改编成警察和武装警察，或者将他们遣散，逐渐裁汰。
五军都督府，是中军、前军、后军、左军、右军都督府的统称，每个都督府都设左、右都督，一共10人，都是正一品。
在明初，五军都督府节制中外诸军事，是明朝的最高军事机构。
不过，在“土木堡之变”后，虽然五军都督府的官职品级还是所有机构中最高的，只有已被撤销的中书省与之品级相当，但却没有了实权，完全成了虚职。
在这场制度改革中，便可以改变这种不正常的状态。
将五军都督府合而为一，称为“军府”，并仿照内阁，将10位都督改称“军务大臣”，人数也减少到4~6人。
军府作为全国军事中枢，地位与提升品阶后的内阁平级，直接对皇帝负责。
下设陆军部、海军部和总参谋部、总后勤部、总装备部等部门。
所有新式陆军、海军，都归军府下的陆军部、海军部统辖，国防部只掌管兵籍，不负责统兵、调兵。
这样一来，让一切恢复正轨，让专业的人做专业的事，结束文官领兵的状态。
当然，结束文官领兵的状态，不代表让旧的武将领兵，更不代表将兵权还给了皇帝。
旧的武将所统帅的旧军，已经在逐步裁汰中。
军府所统辖的新军，各级军官，来源都与旧军不同——不再依靠个人勇武，也不再依靠首级记功来任命和升迁。
所有的军官、士官，都要在军事学院或武备学堂，经过系统的近现代军事知识学习之后，通过改革后的武举考试才行。
这种选拔方式，反而更偏向于原本文官的选拔方式，而非武官。
因此，新军中的军官、士官，与旧军中的武官，并不是同一个概念。
就像改革后的武举，也不叫武举，而叫军科科举了一样。
同时，皇帝想要调动军队，也必须通过军府，甚至通过内阁和议会，不能私自下达命令。
皇帝只是在名义上，作为全国最高军事统帅而已。