，内阁首辅称“首席内阁大臣”。
如此，便将中书省和丞相制度被废除之后，明朝稍显混乱的行政体系统合了起来。
其次，内阁之下，六部、五寺的职能，已经与现有的生产力及生产关系严重不符，需要全部打散重组。
户部改为财政部，剥离其户籍和土地管理职能，并将市舶提举司、盐课提举司等部门划归其下，负责管理全国赋税收取、政府财政等。
成立民政部，取消军户、匠户，将原本户部管理的民户、兵部管理的军户、工部管理的匠户户籍全部剥离出来，由民政部统一管理。
将工部拆分，与从户部、兵部等部门剥离出来的土地管理、邮递驿传等职能，以及新成立的银行、证券交易所、公司管理和新出现的铁路、电报管理等新职能，重组为农业部、工业部、商业部、邮电部、铁道部、交通部等各部门。
农业部负责管理全国土地和水利等；
工业部负责引导全国工业发展和人才培养等；
商业部负责全国经济管理和金融监管等；
邮电部负责管理全国邮递驿站系统和电报系统；
铁道部负责协调管理全国铁路运输；
交通部负责全国道路桥梁修建和交通运输管理……
同时，将刑部改为司法部，将兵部改为国防部，将吏部改为组织部，将礼部、鸿胪寺重组为外交部，将礼部、僧录司、道录司和太常寺等重组为宗教部……
原本从南、北两京的国子监剥离给礼部的、管理全国学政地职能，重新从礼部剥离出来，成立教育部管理。
此外，还有一些不太重要的部门和零碎的职能。
有些有用的，比如钦天监，就可以改为国家天文台，划归内阁直辖。
有些没用的、非行政的，就可以直接裁撤，或者划归内廷管辖。
这样一番大刀阔斧的改革下来，能够让明朝的行政效率大大提高，并且部门职能的划分也更加清晰，专业性更强。
前几年培养的新式人才，也可以用起来了。
最后，将司法体系从行政体系中剥离出来。
刑部、都察院、大理寺，是明朝的“三法司”。
此时，刑部已经改为司法部，都察院也已经改为检察院。
张居正只需要再将大理寺改为法院，大明司法体系中，新“三法司”的改革，便初步完成了。