1828年，嘉靖三十一年。
八月，仇鸾生了背疽，请求带病作战。
朱厚熜知道仇鸾不可靠，阻止了他，并下诏收回了他的印信，用陈桧取代仇鸾。
此时，大学士徐阶秘密上书，揭发仇鸾通敌误国的罪状，并得到锦衣卫指挥使陆炳的证实。
陆炳派人诱使仇鸾的亲信时义、侯荣逃去张格尔处，又在路上派人拦截他们，作为仇鸾通敌卖国的证据。
同时，仇鸾也因病逝世。
朱厚熜得到消息后，大怒，命陆炳和三法司追论仇鸾的罪状。
最终，朱厚熜以谋反罪，下旨剖开仇鸾的棺材，砍下他的头颅，传示边境。他的父母、妻子、儿子和时义、侯荣都斩首，妾、女儿、孙子分发给功臣家里做奴婢，家产查抄，家属流放，党羽都各自获罪发配。
1829年，嘉靖三十二年。
明军终于平定了关西省的张格尔之乱。
张格尔被抓到北京，经午门献俘后，被寸磔处死。
参与张格尔叛乱的人，全部受到了清算。
而帮助张格尔、拒绝引渡张格尔余党的浩罕汗国，也被朱厚熜下令禁止通商。
在张格尔之乱中，疏勒卫、于阗卫的许多地方，都遭到了屠杀。
原本的历史上，张格尔在攻占南疆的城市后，夷平了这些城市中的满城，并将俘虏送到中亚，在哈萨克人中示众，以炫耀胜利。
在这个时空，因为天山以南的移民都是汉人，并与当地人通婚了三四代，已经不分彼此了，所以张格尔只是将不信回教的民众屠杀了。
在明军平定了张格尔之乱后，虽然张格尔已经将自己的支持者，以及从关西民众手里抢掠来的财物，都转移去了浩罕汗国，但明朝还是决定对天山以南的回教进行一次彻底的治理。
华夏文明，是一个独立的文明体系。
而伊斯兰文明、基督教文明，也形成了自己的文明体系，与华夏文明是截然不同的。
不同的文明体系，在同一个社会中，是不可能和谐共存的。会争夺主导权，且只能有一个文明体系占据主导地位。
而占据主导地位的文明体系，也会把同一个社会中的其他文明体系打成异端，要么消灭，要么同化。
早在前朝推翻蒙元、恢复华夏文明的主导地位之后，传入中国的伊斯兰教就开始了本土化进程。
在科举制度之下，想要做官就必须考科举，而想要考科举就必须研读儒家的四书五经。
再加上，自前朝开始就实行的“凡蒙古、色目人，听与中国人为婚姻，不许本类自相嫁娶”和“其中国人不愿与回回、钦察为婚姻者，听凭本类自相嫁娶”的规定……
因此，前朝西北的回教，就开始吸收儒家思想，回教信徒也主动学习四书五经，考取功名，并不得不放弃族内通婚的教义，与汉人通婚，融入中国。
在这个时空，70多年前，明朝收复西域、控制天山以南、设置关西布政使司后，关西的回教，也在融入华夏文明。
而前朝回教中国化的成果，不但被保留了下来，并且因为前朝实行的政策，明朝依旧在实行，因此，甘陕的回教还在吸收儒家思想，甚至形成了许多本土化的教派。
历史上，佛教也是由外部传入中国的。
从西汉传入中国后，经过长时间的融合，最终在宋朝彻底完成了中国化和儒学化，形成了许多中国化的佛教宗派。
经历了张格尔之乱后，明朝也开始有意扶持在中国本土形成的、吸收了儒家思想的回教教派，打击那些没有融入华夏文明，甚至有异心的回教教派，例如以张格尔家族为代表的白山派。
同时，除了儒家之外，明朝还从内地引入道教、佛教，从西藏引入喇嘛教，在关西传播，以增加那里的文化多样性。
对于被屠杀过的疏勒卫、于阗卫，明朝