年，嘉靖二十九年。
六月，张格尔与其英国教官乘机率叛军300人，由开齐山进至疏勒卫，以礼拜祖墓为名，煽动当地民众反叛。
然而，叛军却连疏勒卫的卫所兵都没打得过，大部被歼。
张格尔率百余人突围后，裹胁大批群众发动叛乱。
为防漠西明军来援，张格尔以割让喀什噶尔（疏勒卫）为条件，向浩罕求兵。
七月，浩罕汗国的穆罕默德·阿里汗，亲率万人入侵关西，攻打疏勒卫城。后因与张格尔发生矛盾，恐腹背受敌，引兵退走。
八月二十日，疏勒卫城破，总兵张达、林椿战死。
在攻破疏勒卫城的同时，张格尔还在向疏勒卫、于阗卫地区的其他卫所城池进攻。
张格尔自称赛亦德·张格尔苏丹。
在控制这些地方后，残害生灵，淫虐妇女，搜索财物，与其之前的宣传完全相反。
因此，遭到关西民众的强烈反对，转而支持明军。
而此时的仇鸾，知道前线危险，早已找借口离开了。
离开之前，他还靠谎报军功、隐瞒败绩，得到了朱厚熜的信任，并得意加官进爵。
九月初七日，朱厚熜改革军制，废除十二团营制度、罢两官厅，恢复三大营旧制，任命仇鸾为都督。
在戎政上，朱厚熜对仇鸾言听计从。
仇鸾也因此骄傲自满，相继和严嵩、徐阶、陆炳等重臣失和。
同年，英国将马六甲、槟榔屿合组成海峡殖民地，进一步窥探马六甲海峡以东。
1827年，嘉靖三十年。
朱厚熜接连收到关西战报，才意识到事态的严重性。
当即下令，调黑水、关东、陕西、甘肃、四川五省兵3万，会攻张格尔叛军。
八月，仇鸾领3万大军，消耗户、兵、工三部数万民夫、马具、武器，到关西高昌府，却畏敌怯战，裹足不前。
1828年，嘉靖三十一年。
三月初六，仇鸾迫于朝中严嵩的压力，不得不带兵进攻张格尔军。
他的家丁率先深入敌阵，结果溃败，依靠游击时陈殿后、参将欧阳安从侧翼攻打敌人，才得以逃脱。
为了嫁祸他人，仇鸾将过错全都推给游击时陈、参将欧阳安，还诬陷成国公朱希忠通敌。
但此时，朱厚熜已经不相信他了。
不久，朱厚熜召仇鸾回京，并禁止他再调动边境的兵马。