着战鼓，走近荷军岗哨……
这时，荷兰殖民当局才开始意识到局势的严重性。
由于防卫兵力不足、防御工事薄弱，荷兰殖民者一开始想要避免武装冲突，派人与华侨武装队伍谈判，但谈判并不顺利。
于是，荷兰殖民者决定攻击华侨武装队伍。
10月7日下午，从巴达维亚城内开往文登的荷军，中途遭到华侨武装队伍的伏击，有2名军官和14名士兵被打死。
荷兰殖民者害怕巴达维亚城内华侨也参与城外华侨的起义，于是，在10月8日上午，向城内华侨发出许多条命令。
其中包括：华侨凡有拒绝交出武器或者反抗司法官、反抗从旁经过的士兵者，枪毙；从下午6点半钟起，华侨必须闭门静坐，不准点灯，不准外出，如有上街者，枪毙。
10月8日早晨，荷军用大炮击败了华侨武装队伍。
然而，当天晚上，郊区华侨起义便正式爆发了。起义者向巴达维亚城门发动进攻。
10月9日早晨，荷军击退了进攻各城门的郊区华侨起义者。
当天，荷兰殖民者命令将所有在押华侨用船运载出海，随即又传出谣言，说这些被运往锡兰的华侨在途中将被扔进大海。
这引起城内华侨的不安和愤怒。
有人提议：“与其坐而待毙，不如起而作难，庶几死中求生。”
有人逃出城外，荷军立即追捕，逃者除被杀死之外，被抓回城的就有数百人。
同一天下午，城内有几处华侨房屋突然发生火灾。
荷兰殖民者认为，这是城内华侨同城外华侨起义者联合行动的信号。
于是，10月9日的晚上，大屠杀开始了。
屠杀持续了7天，城内华侨不论男女老幼被杀3万多人，侥幸逃出者仅400多人，被焚毁和劫掠的华侨房屋达六七百间，财产损失无法估计。
因肇事地点之一为城西一条名为红溪的河，故称为“红溪惨案”。
巴达维亚城外华侨在施班让的指挥下，与荷军激战，伤亡数千人，后转战中爪哇。
而荷兰殖民者唯恐落得吕宋西班牙殖民者那样的下场，将当时的总督逮捕进监狱，并严密封锁惨案的消息。