奔还，军符印信尽失，弃军资千万余，士卒死者万人。帝闻之大惊，八月二十七日，特旨命嗣昌督师，赐尚方剑，以便宜诛赏。
郑芝龙昔日招抚的恩主熊文灿因张献忠再反，致抚局失败，而被锁拿入狱（其后于1640年被斩）。
九月初一，帝召嗣昌于平台。嗣昌言，臣朝受命夕起行。二十九日，抵襄阳。十月初一日，嗣昌于襄阳大誓三军，进剿农民军。时明军诸将积骄玩，无斗志，嗣昌鞭副将、斩监军佥事、劾逮湖广巡抚方孔炤，整饬军纪。
闯逆，李自成部，于渭南潼关南原遭遇洪承畴、孙传庭的伏击，溃之，携贼首刘宗敏等残部17人躲到陕西东南之商洛山中。
然，献忠再反，受其影响，隐伏的李自成等多路农民军也重整旗鼓造反，贼势复起。
东北的建奴亦是愈发势大难制。6月23日，明廷因东事愈重，乃决策抽练各镇精兵，复加征“练饷”。辅臣杨嗣昌定议：宣府、大同、山西、延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮、辽东、蓟镇，及保定、畿辅、山东、河北各镇兵由各总镇、巡抚、总兵分练，东西策应，闻警即至。谷
在一战击溃流贼于陕西后，帝调洪承畴为蓟辽督师，主持与建奴作战。
10月，建奴再攻宁远（今辽宁省兴城）。时宁远守将为都督同知金国凤，统军近万人。清军攻宁远，明将士胆怯。国凤愤，率亲丁数十人出据北山冈与清兵苦战，矢尽力竭，与二子及众亲丁皆战死。
蓟辽督师洪承畴，军马不精，士气不振，未敢轻敌冒进，停驻宁远后方，以待建奴势去。此前，锦州被围已数月之久，且外城被建奴击破，情势越发危急。
京师户部，数次催促南直隶及福建、广东速速将“练饷”、“辽饷”、“剿饷”及赋税解送北京，以为练兵筹饷之用。公文之急切，措辞之严厉，为历年之甚。
“朝廷之颓势，对我们在海上与荷人争锋，当无关碍吧？”郑芝豹小心地问道。
“这天下，已然要乱了。”郑芝龙郑重地说道：“我们必须做长远打算了。此时，尚不是与荷人相争的时刻。我们目前不仅要控制泉州、同安中左所等福建要地。而且，我们还要往潮汕发展，最终经略广东。”
“另外，为了有一个稳固的后路，台湾，必须加大移民力度，着力进行有效开发。将一些泉州、福州的工坊机械，能提前开建的尽量投入台湾。而且，那里必须要建一座造船场，而且，务必要使其可建大船。从西班牙人与荷兰人手里俘获的工匠、艺人、炮手、火枪兵，以及水手，一个都不能放走，全部充入我们建设的工坊和军中以为效用。”
“开发台湾，可是要费不少银子的？”郑芝豹数月前到过原荷兰人的据点热兰遮城，不过现在已经改成台南县。那里气候湿热，疫瘴横行，短期之内绝非长居之地。
“荷人与西人皆能经略台湾，我等自然也能占据此地。”郑芝龙正色说道：“将台湾好生经营，促其人口丰裕，最大限度地完成自给。他日，若大陆事有不遂，我等也可保后路无虞。为此，我们现在必须积蓄足够多的力量，以之未雨绸缪。”
“北方流民无数，福建、江西，广东等地，亦是饥民蜂拥。水师每月需将各地收拢移民，尽数送往台湾，屯垦戍殖。岛上生番众多，性情凶猛难驯，必须派驻陆师去进剿，护卫移民。这些，都需要牵扯我们太多人力物力。所以，与荷人相争，委实有些吃力了。”
“那明日，我们就与来此的荷兰代表签署合议。怕就怕他们言而无信，事后反复。”郑芝豹说道。
“日本禁绝葡萄牙人前往贸易，蚝镜（今澳门）的日子想来定然不好过。”郑芝龙笑着说道：“十几年前，我们在蚝镜多方受到葡萄牙人的优待，此时，不妨帮他们一把。”
“日本幕府将军恼怒葡萄牙人肆意传教，蛊惑民众，定然不许他们进入长崎