南蛮贸易”中获得硝石，但在此时完全没戏，因为葡萄牙人在南洋都已经认怂，在日本就更不可能敢于违背高务实的禁令，而且也没那个能力、
现在葡萄牙船只想要进入日本，在南洋到台湾南部一线就会被南洋舰队查船，到了闽浙、台北一线又会被北洋舰队查船，有没有违禁物那是做不得假的。
此时宋希立望见日军从混乱中挣脱，开始有序行动，不免心生担忧，立刻向李舜臣报告。李舜臣下令道：“不可轻举妄动，我军胜机全在海流变向之时，在那之前务必坚持，切切不可让日军突出包围。
传令权俊，令龟船突入敌阵吸引火力，改装民船拨出三十艘来袭扰倭寇。其余船只作掩护攻击。倭船覆盖铁甲者当不过半数，传令我军各船主攻无甲船只，一定要保持主动。”宋希立领命传达。
权俊与罗大用得令后，立即分别指挥龟船向日船逼近，朝鲜龟甲船的威力令日军印象深刻，虽说前次在漆川梁海战时龟甲船并未能给日军铁甲船造成重大的伤害，但若任由龟船行动却仍然具有较大威胁。
为此，日本水军中设有火炮的铁甲安宅和更加强大的“大坂新舰队载炮巨舰”便尽量向龟船集中射击，其余船只也纷纷用火绳枪来牵制以及向民船射击。在来岛通总和藤堂高虎的指挥下，日军军势渐趋稳定。
朝鲜龟船作为平底船，虽然远洋作战肯定是渣渣一样，但在这种风浪不强的近海却可以横行霸道、左冲右突。只见它们枪炮连射，加之比日船灵活，铁甲船只能硬扛打击。
不过，朝鲜民船方面就比较惨了，被日军火绳枪压制得几乎难以抬头，虽有朝鲜主战船火力掩护，双方仍然陷入僵持。
然而，或许是因为朝鲜水军目前绝大多数都是民船所改装而来，整体战斗力远不如壬辰年那般，因此没过多久，鸣梁海峡一端的朝鲜船队就似乎渐渐不支。
来岛通总见状大喜，立刻指挥日军船队开始一部分先行尝试突围。眼见得重整队列希望在前，来岛通总不禁心中得意，暗忖你李舜臣偌大名声，眼下还有何等手段能阻止我反败为胜？同时他也没闲着，再度通令全队不得大意，相互掩护，按序列跟进。
此时正赶海流变向，急流涌动，倭船全为尖底，虽然船身很稳(指较少出现大角度侧倾)，但船只整体却在急流中上下左右摇摆不定，随着波涛自相乱撞。
由此，日军战船时而被迫拥挤在一起，时而又互相被撞开，日军因此大乱。李舜臣见状，顿时号令全军发起总攻。
约莫半个时辰后，海潮退却，提前布置的木桩铁索浮出海面，顿时分割并限制住了日军船队的活动区域。十数条木桩铁索一出，日军战船的尖底便成了弱点，因此不少战船险些侧翻。
来岛通总心惊不已，马上下令各船另遣敢死队下水拔除铁索，来岛通总及藤堂高虎急得连连叫喊突围，火箭、炮弹、子弹在两军之间穿梭往来，犹如万千死神狂飞乱舞。
混战之间，来岛通总及其兄长得居通年所乘战船被数发炮弹击中甲板，结果其中一颗击中了甲板炮旁边准备换药的火药箱。虽然炮弹是实心炮，但经炮膛射出时已经达到了高温，立时引爆了火药箱，两人被不知何种碎片击中，各自落水而死。
主将战死，日军更加军心慌乱，甚至连藤堂高虎也难以遏制。日本水军此时已经没有军纪一说，纷纷疯狂突围，甚至将铁索都给撞断了，只是却不知有多少船只在撞断铁索前就以彻底损毁。
最后日军仍然冲出鸣梁海峡与本队会合，劫后余生的他们清点损失，发现此战日本水军被击沉十九艘小早船及十二艘关船，其中还有两艘铁甲关船。不过朝鲜方面损失也不小，其改装民船损失过半，好在战略、战术的目的都已达到，仍然可以骄傲地宣称自己是胜利的一方。
李舜臣见日军已突围暂撤，随即下令全军返还军营，搬运物资向北