副将宋希烈劝李舜臣赶快撤离，李舜臣也知水军已败，再不撤出釜山必被敌寇所俘或射杀，便也只得随剩余船队撤出釜山浦。
九鬼嘉隆见朝鲜水军已撤出釜山，严令全军不得追击，立刻打扫战场，收缴朝鲜破损战船及火炮弹药。当他进一步侦查得知朝鲜水军的确撤走，见如此大胜，忍不住狂笑三声，然后下令立刻向总大将宇喜多秀家及太阁殿下报功，并备下大宴以为庆功。
此战朝鲜水军战船损失甚大，人员伤亡无数，副将郑运等数位将领战死，李舜臣与三道水军各回本营，李舜臣率领全罗道左水营返回丽水港，并为郑运及阵亡将士举行祭奠。
郑运为人豪放，英勇非凡也熟悉兵法，素为李舜臣所倚重，平日也颇受士卒爱戴，全军将士无不对郑运之死悲痛不已。
李舜臣痛感自己轻敌冒进，未能识破日军奸计，致使朝鲜三道水军损失惨重，爱将郑运也因自己而死，不由泪流满面，痛心疾首，发誓定要替郑运及全体阵亡将士报仇雪恨。
次日，他便广派侦船打探情报，寻找战机以便再战复仇。然而日军此后在各港口都开始施行陆海协防之策，将大批战船集中用于运输护送，却不肯轻易再打什么海上决战。
李舜臣率水军数次出击均不能获胜，斩获也极其微小，更无法收复被占港口及切断海路，无奈之下只得暂时放弃进攻，海战方面由此陷入低谷。
而与此同时，日军为尽快夺取朝鲜全罗道，必须占领全罗道的门户晋州城，但欲占晋州则必先攻昌原，因此总大将宇喜多秀家便下达了新的军令，要求第七军团、第九军团合力进军，先攻昌原，再取晋州。
于是，第九军团浅野长政命令细川忠兴与第七军团的长谷川秀一、丰臣家谱代木村重兹共领兵近两万会集釜山。
两万日军在釜山暂行休整，修补刀甲枪支、练习技艺、生火煮饭，武士将领也在一旁养精蓄锐。细川忠兴、长谷川秀一、木村重兹三人会面，各自行礼后分坐一边，细川忠兴开口说道：“自李舜臣在釜山被击退之后，各地港口也都在实行陆海协防，那李舜臣也再难有所作为了。如今我军物资补给源源不断，釜山此地神清气爽，真是令人流连忘返，可惜战事未了，如今还不是我等流连忘返之时，不久之后便要向晋州进发——晋州那边有何报告？”
长谷川秀一自接到进攻晋州的军令之后便一直派遣密探往返探查，此时立刻回答道：“此去晋州之前必先攻下昌原，昌原守兵约有两千，守将名唤柳崇仁，是一员老将，不过朝鲜将领多为无能之辈，昌原城也矮小易攻，不足为虑。
倒是晋州守将是柳崇仁的部下金时敏，听闻此人有些许才能，我军对他还需注意。至于晋州守兵情况，目前尚不明确，只知除官军之外尚有不少义军在内，据初步探查约在七千人以上。另外，在我军攻打晋州之时，庆尚道其余义军是否增援也为此战增加了不少变数。”
较为关注朝鲜义军的木村重兹也立刻接过话头，道：“我也听闻朝鲜各地义军蜂拥而起，甚至还有僧兵出没，这些僧兵战斗力很强，尤其以庆尚道活动最为频繁，太阁殿下与关白殿下都十分关切，不知实情是否如此？”
长谷川秀一答道：“是这样没错，朝鲜的义军虽然兵甲残破，也并未经过刻苦训练，但其战心、战意远比朝鲜官军坚定十倍，而且现在也不再只会死守城池，反而神出鬼没、惯于偷袭，我军虽多次清剿，拔除了不少的据点，但仍是很麻烦的一群人。
这其中有一人名为郭再佑，为庆尚道内义军领袖，对我军在庆尚道的活动多有阻碍，毛利辉元殿下和黑田官兵卫殿下都曾亲自主持围剿，虽有成效却始终难以剿灭。
据推算，此次攻打晋州之时此人也将出现，我也正欲趁此良机，将郭再佑所部一举歼灭，如此一来则庆尚道也将安稳许多。”
细川忠兴笑道：“朝