自崇祯元年宁锦之战后，李祥宝就感到了一种压力。
在原本的计划中，他打算在崇祯二年年底到来的己巳之变中进京勤王，趁机夺取建奴后方，用“换家”的战术攻击建奴的软肋。
皇太极倾巢而出，辽南四卫以及辽中等地空虚，正是最好的收复机会，这个机会他不想错过。
并且，皇太极孤军深入，一旦后方被夺，就很有可能被困在关内被包饺子，最好的结果，也不过是流窜在蒙古诸部。
总之只要李祥宝占据了辽地，后金就成了无根之木、无源之水，他们的数万大军，都要耗死在这场远征之中。
因此从崇祯元年开始，大同社开始大力整顿兵马，开启了大练兵时期。
原先所有的战兵不过三千人，这些人里面多数都是原来蔡三手下的老兵，经过了半年的训练以及几次战斗，已经完全成为了一名合格的战士。
崇祯元年之后，原来民兵司所有的民兵大部分都被并入了战兵营中。他们在民兵司期间一边训练一边垦荒，虽然训练周期变长，但是基础也更扎实。
在北港，几乎没有一个体能上不合格的民兵，也没有一个民兵不会用火铳、火炮。
甚至普通的妇女都会使用火铳，知道火炮发射的流程。
这样的成果，全赖于这两年军民一体的训练，这些原本只属于军队的战斗经验和火器操作方法，潜移默化的传递到了民间。
随着战兵人数的增多，水师部队开始从原来的无固定部队变成了有专门的部队，水师部队一共一万余人，都是从原来的战兵营里抽调擅长水战的将士组成的。
这些人组成正规的水师之后，便开始了针对性的训练。
他们平日的训练便开始以海战为主，以陆战为辅，和原本的陆军区分了开来。
水师建立两年，执行了许多护航任务，虽然局部发生过一些驱逐海盗的战斗，但是相对于一支上万人的水师部队而言，这些士兵多半还都是新兵。
他们从开始被组建进战兵营的时候就是新兵，这么几年下来因为北港并没有什么大仗要打，因此平时还是以训练为主。
这次的马尼拉海战，将会是他们参加的第一场大海战。
这一万人里有几个营是完全由原来的战兵营组成的海军陆战队，是整个大同水师里面的精英。
当海上的战争结束开始登陆马尼拉摧毁西班牙的统治时，这些海军陆战队将化身利剑，直捣敌营！
出发之前，李祥宝在北港港口举行了万人誓师大会，上万名参战的士兵战意昂然，杀气直冲云霄。
许多百姓夹道送行，这些士兵有一部分家人就在北港，送行路上，不少的百姓都哭着留下了眼泪。
士兵们唱着嘹亮的军歌登上战船时，六支舰队同时鸣响礼炮为战士送行，炮声隆隆中，五支舰队依次驶出北港。
北港只留下一支舰队作为防守，另外一支则前往大员海域监视着东印度公司的动作。
东印度公司这一次不会倾巢而出，必定留有战舰在大员，大同社的大部分战舰都出海了，不得不防备着东印度公司突然派船偷袭。
出海第三日，大同社四支舰队来到澎湖西南的东沙群岛，葡萄牙的两支舰队已经等候在这里，由葡萄牙驻澳门总督马士加路也和上校卡罗尔率领。
双方舰队会合之后，马士加路也立即移交了指挥权，表示战斗过程中一切听从大同社指挥。
这次大同水师的指挥工作主要由兵务堂几位高级将领组成的战时指挥部指挥，施大瑄主持。
施大瑄是历史上施琅的父亲，施琅擅长水战，这估计就是从他父亲身上学到的。
整个大同社里施大瑄的水战指挥水平最好，也更有经验，因此大同水师实际上的负责人就是施大瑄。
而李祥宝，这次仅仅在指挥部里充当了一名普通的委员。