让南宋朝廷万万没想到的是，茅子元到了江州之后，反而如鱼得水，收的门徒更加多了，白莲教开始大发展，到处有人开始传习，甚至在蒙古通知下的北方，也有很多人信奉。白莲教还开始和蒙古人勾来打去，成了蒙古人在南宋的眼线。
这点在正史上并无记录，但我们可以从史书中推出来，蒙古灭掉南宋、统一中国后，先后扶植了全真教和白莲教，白莲教成为了受朝廷认可的教派。
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如果白莲教没有立下大功，怎么可能得到元朝政府的认可？而南宋史上并无白莲教大规模起义，帮助蒙古人扯南宋朝廷后腿的记录，由此可以反推白莲教立功最大的可能。就是帮蒙古人打听情报：因为白莲教的信众主要来自下层社会，他们人数众多，能够在最快的时间打听到各方面消息，报告给蒙古人。
得到蒙元朝廷的许可后，白莲教进入了全盛发展时期，但这个时候，白莲教的组织和教义开始发生了变化，宗派林立，有些教徒夜聚明散，聚众滋事。
到了至大元年，蒙元朝廷忌惮白莲教势力过大，下令禁止，后来曾短暂恢复过白莲教的合法地位，直到元英宗时，朝廷彻底禁绝白莲教，白莲教再次转入地下，开始对官府抱敌对态度，加上元末社会矛盾激化，一些白莲教徒开始率先反元，比如红巾军的韩山童、刘福通等人。
为什么叫红巾军呢？有人说是因为起义军头戴红巾，这只是表象。
在白莲教的教义中，尊奉弥勒佛，将世界分为代表过去的燃灯古佛，代表现在的释迦摩尼佛，代表未来的弥勒佛。分别以青、红、白来代表。他们认为当世之时乃是末法时代，是天下大乱之际，大劫来临，所以戴红巾应劫难，以期新时代到来，光明普照大地。
朱元璋进入起义军之后，在发展过程中深感白莲教的危害，朱元璋取代郭子兴后，开始肃清队伍中白莲教势力，重用淮西军事集团；登基伊始就下令取缔白莲教，然而让朱元璋始料不及的是白莲教的生命力非常顽强，一直在或明或暗地在跟大明朝廷作对。明初的时候，白莲教曾和浙东集团的文官勾结，共同对抗朱元璋和淮西武勋，结果被朱元璋挥起屠刀杀了个底朝天，就蛰伏了起来。
朱允炆上台后，以浙东集团为首的文官受到建文帝的赏识，开始支棱起来，就把白莲教扔进了厕所，白莲教一看自己被抛弃了，这个气啊……
转头找上了起兵造反的朱棣，朱棣当时正好以一隅之地，抵抗全国之力，看到白莲教找上门来，顺手就收了下来。
让白莲教起兵造反策应，朱棣是肯定不会选的，因为朱棣很明白，一旦白莲教成势，就会尾大不掉，自己起兵靖难，搞不好就会为他人做了嫁衣。
于是乎，朱棣就让白莲教做了两件事，一是宣传，二是探听情报。
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宣传的内容无非就是靖难的正义性，给朱棣添加一些光大伟正的事迹，顺便鄙视一下建文帝，造谣中伤建文帝，因为白莲教的信众大都是底层百姓，判断力不强，往往就是听风是雨，于是，这些消息就一传十、十传百地在大明流传起来，在一定程度上，帮了朱棣。
至于探听情报，则是利用各种渠道，打听南京和各地消息。
以济南战役为例，当时铁璇假装投降，在城门之上设置千斤闸，准备砸死朱棣，结果失手了，就是因为有白莲教人从中作梗，才让朱棣逃出生天。
还有徐增寿给朱棣送情报，说南京空虚，让朱棣直接长驱直入。以朱棣的聪明，不可能就凭徐增寿的一封信，就贸然前往，肯定要确认这个消息，而白莲教就帮他确认了这个消息，并提供了沿途各个州府的兵力布置。
因此，朱棣才能长驱直入，直达南京。