所以到后来，举凡武职世官、流官、土官之袭替、优养、优给之类的事务，皆由所属都司卫所上报于都督府，都督府再转送兵部请选。选定后，经由都督府下达都司卫所。如此一来，都督府就变成了一个传话的机构，实权几乎没有，自然也无法有效节制各地都司卫所。
而兵部呢，又没有直接管辖各都司卫所的权力，最后的结果，显然就造成了两不管的局面。
其实田从焘对这种类似于府兵制的制度，并不太看好。首先管理难度大，容易滋生弊病；其次战斗力低，军心涣散，难以产出军事人才。世袭制限定了军士们的身份，没有上升空间，太平年代，只能苦哈哈的受上官奴役，不太平了，又被推出去当炮灰，换了他也要逃跑。
可惜他只是奉旨整顿卫所，并不是要废除卫所，所以只能在现有基础上，想一些改进措施。所以他请来了秦远。
秦远答应帮忙之后，没多久就提供了一份整改措施，这份整改建议很全面，但终归只能治标，难以治本，所以田从焘拿到之后，只说要好好看看，并没有递上去给田惟彰看。
可是在把卫所查了个底朝天之后的现在，田从焘又不得不承认，秦远的这份方案实在算得上是面面俱到、老成持重，是个不伤筋动骨，还能达到一些目的的好方案。
就在他犹豫的时候，东都来了消息：元庆三年十一月，田惟彰下旨册封第四子田从熙为太子，并定于十二月二十日行册封礼。命各宗室藩王、两京五品以上官员皆到场观礼。
田从焘出发之前，又跟秦远碰了几面，将整改措施细细修改完善，然后就让人快马加鞭先行呈送给田惟彰御览。
这样一来，在田从焘到东都之前，田惟彰已经有足够多的时间来研究这份整改方案，等他到了之后，也能尽快将此事讨论出个结果。
田惟彰等这个整改方案已经等了很久，所以一收到就先仔细研读了一番，还把顾名俊找来，让他一同参详。
“秦尚书真是宝刀未老。”顾名俊看完之后，先赞了一声。
田惟彰一笑，问道：“爱卿觉得可行？”
顾名俊恭恭敬敬的回道：“秦尚书曾两度将兵，对地方都司卫所知之甚深，此番所提诸事都切中利害，臣甚为佩服。只是这任免、升调、训练之权回归五军都督府，恐让兵部失了节制之权……”
“爱卿与秦远可有私交？”田惟彰不置可否，忽然问了一个不相干的问题。
顾名俊心中一紧，面色却不变，答道：“回陛下，臣多年来一直在京为官，秦尚书却多为外官，因此臣与秦尚书并无私交。”
“是么？朕怎么记得，当初秦远被人弹劾的时候，卿曾为他说话？”
顾名俊微微躬身：“陛下明鉴，臣虽与秦尚书素无私交，但一向钦佩秦尚书的为人，也知秦尚书治军甚严，断不会做出纵兵劫掠百姓之事，况李学敏当日嫉恨秦尚书甚深，臣察觉其中必有蹊跷，这才上折为秦尚书申辩。”
田惟彰捻须颔首：“原来如此。你一说，朕也想起来了，李学敏确实常在朕面前言及秦远桀骜不驯，这么说来，倒是朕冤枉了秦远。”
“陛下言重了。”顾名俊忙道，“秦尚书极少面圣，陛下不知其为人，乃是常理。只是李学敏当时身为左相，却徇私枉法，为排除异己蒙蔽圣上，实在是罪大恶极。”
田惟彰叹了口气：“朕独坐深宫，卿等便是朕的耳目，若是卿等有意蒙蔽，朕可真就成了聋子瞎子了。”
顾名俊立刻跪倒请罪：“臣等无能，陛下恕罪。”
“好了，这也不怪你，是朕看错了人。”田惟彰摆摆手，“你先去吧。”
顾名俊起身再施一礼，在内侍引领下退出了大殿。
其后田惟彰又分别找了兵部两位尚书和在东都的几位大都督来研究整改方案，各人因身处的位置不同，提出的意见也各有侧重。