“对于这些构象簇如何与其他蛋白相互识别,如酶与底物的识别,我们还缺乏明确的认识。另外,真核生物体内蛋白质翻译后,经历肽链折叠、各种修饰、跨膜转运、配体作用和降解过程等等,这些过程又将如何影响蛋白质的动态构象,从而调控生物功能呢?而且蛋白质的时间运动尺度很宽,从化学键的振动,侧链基团的旋转,到主链的运动,结构域的蠕动以及整个蛋白质结构的翻转等等,这个过程囊括了从飞秒到千秒的一个很宽的时间尺度,因此,我们想要在实验室内观察到蛋白质原子水平的实时运动,还有一定的难度。”
庞学林好奇道:“用核磁共振技术不行吗?我记得通过常规驰豫实验技术可以观察到皮秒到纳秒的蛋白质动态,cpmg驰豫离散技术、顺磁驰豫增强等技术手段可以观察到蛋白质微秒到毫秒尺度的运动,结合氢氘交换等方法还可以检测到秒到千秒这个尺度的运动……”
柏克莱摇了摇头,苦笑道:“庞教授,您只知其一,不知其二,虽然我们目前已经认识到了蛋白质分子通过它局部的一些原子在快时间尺度下的热平衡涨落来完成慢时间尺度下的运动,甚至于我们可以知道蛋白质的某些原子在某些时间尺度中的运动状态,但这种观察还相当有限,对于从整体上研究蛋白质的动态性依旧属于杯水车薪。如今我们只能利用分子模拟技术,研究蛋白质分子从微秒到纳秒的精确运动状况,结合一些假设和简化技术甚至可以模拟更长时间尺度的运动。但是这种方法只能让我们得到一定数目蛋白质的整体平均特征,对于单个蛋白质分子如何运动的问题还知之甚少……”
庞学林不由得皱了皱眉,他倒没想到,竟然还存在着这样的问题。
可是也不应该啊,以保护伞公司所展现的水平,他们既然能在始祖病毒的基础上搞出类似t病毒这样的东西,不可能不去研究单个蛋白质分子的动态性问题,他们是怎么做到的?
他将目光从柏克莱身上移开,对上了坐在角落里,始终一言不发的阿什福德。
阿什福德朝庞学林摇了摇头,意思是现在不方便说。
庞学林道:“既然如此,那这个就先放一边吧,阿什福德博士,你跟我来一下,我有点事找你。”
很快,众人相继离开了实验室,庞学林也带着阿什福德来到了自己的办公室内。
庞学林道:“阿什福德博士,刚才柏克莱教授所说的问题,保护伞公司是怎么解决的?”
阿什福德苦笑道:“保护伞公司内部的各种尖端实验仪器以及设备要比外界高出一大截,我们如果想要从原子尺度研究非编码rna以及它与蛋白质之间的关系,恐怕还得在实验室内添加一台动态apt才行。”
“动态apt?”
庞学林有些不解地看着阿什福德。
阿什福德奥:“所谓apt,就是材料学中的原子探针层析技术,它可以确认原子种类并直观地重构出其空间位置,相对真实地显示材料中不同元素原子的三维空间分布,成为空间分辨率最高的一种分析测试手段。而动态apt,就是通过这样一种探针来实时观察蛋白质分子的运动,这种设备,只有保护伞公司才有。”
庞学林微微一愣,有些哭笑不得,没想到自己想要研究干掉t病毒的方法,仪器设备还需要从保护伞公司获取支持。
“不过,应该怎么才能让斯宾塞心甘情愿地送一台动态apt给我呢?”
庞学林皱眉沉思。
就在这时,办公桌上的电突然响了起来。
庞学林拿起电话。
电话那头传来克莱尔声音:“庞教授,保护伞公司来了一个叫做阿尔伯特·威斯克的人,他说想要见你。”
庞学林微微一愣,连忙起身道:“好,我马上回地面。”
“怎么了?”
阿什福德好奇道。
庞学