原来奇门遁甲大阵最初源于四千六百年前的涿鹿之战，当时炎、黄部落联盟在与蚩尤联军的战斗中便应用了奇门遁甲之术。
在那场大战中，双方围绕中原展开角逐，足足打了一年多，胜负难分。战场形势胶着，黄帝每天都长吁短叹，心急如焚。
某天晚上，黄帝在睡梦中偶遇九天玄女娘娘，娘娘对黄帝说道：“你想打败蚩尤并不难，但你必须能寻到九星连珠时映衬在大地上的奇门，在这里安插一支伏兵，必能偷袭成功，一举破敌。”
这九天玄女，冥神曾经说过，是女娲大神的婢女，后来因为得罪了天帝，被天帝所诛杀。
当时，黄帝不解其意，于是便虚心请教九天玄女寻找奇门的秘诀，九天玄女便将这套法门倾囊相授，随后消失不见。
黄帝梦中惊醒后，连忙用竹棍在地上进行演算，将九天玄女传授的所有术数全部记录下来。由于当时没有纸笔，所以如何保存这些术数是个大难题。为了记下这些玄奇的法门，黄帝让属下将这些术数摘抄到龟甲上，编撰成一套《奇门遁甲》。
在某个吉日，黄帝命令手下修建了一座通天高台，这高台应该就是最早的法坛了。一切准备停当之后，他便在高台上进行了祭祀，正式演练了“奇门遁甲”大阵。随后，黄帝便将这套法门应用于战场，与蚩尤来了场殊死决斗。
作战过程中，蚩尤率领七十二路妖王释放了遮蔽战场的黑雾，一时间黄帝及其部下竟目不能视。靠着蚩尤的法力加持，南方蛮族得以在黑雾中斩杀华族的士兵。眼看黄帝部落即将落败，黄帝按照九天玄女的指示，调动了安插在奇门的那队伏兵，瞬间起到了扭转乾坤的关键作用。
这支伏兵以“背孤击虚”之法，顺利地将黄帝的主力军接引到生门，破除了遮天蔽日的黑雾，并将蚩尤的军队逼入死门，将其尽数歼灭。经过战争的验证，黄帝坚信“奇门遁甲”是至宝。于是，黄帝死前将写满了术数的龟甲交托给大臣风后，让他代为保管。
风后这人上知天文下晓地理，是阴阳术的行家。
在“奇门遁甲”的基础上，他以四个时辰标注一年中的四个季节，并删减了奇门遁甲中冗余的部分，将4320局术数变更为1080局。
最后，风后把1080局术数细化为540局阴遁和540阳遁，对奇门遁甲之术进行了全面改革。
殷商末期，一位叫姜子牙的修真者来到昆仑山上，向天帝请教了奇门遁甲之法。时值王朝之末，人皇帝辛昏庸无道，残暴生灵，百姓身处水深火热的环境中。姜子牙夜观天象，见周室将兴，于是，便在河边以“愿者上钩”之法获得周文王的垂青。
在接下来的岁月里，姜子牙不遗余力地辅佐文王、武王，颠覆殷商，使用星门变换之法，将处于死局的周王室改向生门，扭转了西岐为殷商所破的气运。在战争中，姜子牙多次应用奇门遁甲之术，率领士兵自生门攻向敌军死门，屡屡奏效。
战争结束后，姜子牙认为1080局术数仍太过繁琐，常人根本无法理解，于是便将其再度简化，最终仅留72局。
时间来到秦朝，始皇帝好大喜功，致使民不聊生。民间有一叫张良的小伙子，习文练武，打算闯出一番事业。某日张良在途经下邳的时候，在路边看到一老者端坐于黄石之上，但见老者足上空空如也，原来他的鞋子被风吹到旁边的小桥下了。
不用说，这黄石老人应该也是天帝的化身。
老头十分无礼，傲慢地对张良说道：“你是晚辈，你应该替我把鞋子捡回来。”张良是个老实巴交的人，他见老者年事已高，便乖乖地卷起裤脚，来到小桥下帮老人取回了鞋子，并耐着性子将鞋子擦干净。
谁知，当张良把鞋子递到老头面前时，老人不耐烦地说道：“愣着干什么，还不替我穿好？”张良血气方刚，刚想发作，但考虑到老头这把老