碧蓝的天空中，漂浮着一座与其格格不入的空中堡垒。
就在堡垒的正中央，一名男子高坐在椅子上自言自语道。
“火之神，雷之神，冰之神，不可以擅自触及，否则，天地的愤怒将令世界走向灭亡。”
“海之神只有在拯救灭亡时出现，但也无法阻止世界的灭亡。”
“只有出现一位优秀的“控制者”，才能够平息诸神的愤怒。”
“我想得到的不是火之神或雷之神，也不是冰之神，而是海之神。”
说话间一个奇怪的容器出现在男子面前，容器中的神奇宝贝发出尖锐的鸣叫，但男子却像在听音乐一般。
“欢迎你成为我的收藏品，火焰鸟。”
听到这话的火焰鸟发出了更加刺耳的鸣叫。
男子并没有理会火焰鸟，是转头看向不远处的另一座岛屿，“下一只就该轮到同样身为神的雷电鸟了。”
说完，这个巨大的空中堡垒开始向雷电鸟岛屿进发。
另一边，小智正乘坐着小美的游艇继续着他们的旅行。
在伸了一个懒腰后，小智感叹道：“天气真好啊！”
“对了！把神奇宝贝都放出来吧！”
“好主意！”
说着，三人便将自己的神奇宝贝们都释放了出来。
“出来吧！乘龙！快龙！喷火龙！沙奈朵！还有杰尼龟和妙蛙种子！”
“出来吧！角金鱼还有海星星！”
“飞天螳螂，玛利露以及毛球，你们也出来吧！”
与此同时，就在船的正后方，一只潜水镜探出水面。：
鲤鱼王潜水艇里，火箭队正偷偷的看着他们。
“这次一定要把小鬼头的神奇宝贝们给找过来！”
“我们可是永不放弃的火箭队啊！喵！”
“加油！加油！加油！”
这时，原本风平浪静的海面突然狂风大作，就连海里的鲤鱼王们也在逆流。
顿感不妙的小智急忙说道：“大家快把神奇宝贝们给收回来！”
好不容易等海面平静点了后，小美看着眼前的岛屿，说道：“竟然到了这里，亚西亚岛，橘子群岛海域的尽头。”
…
真新镇，小智妈妈正在院子里给蔬菜浇水，这时，大木博士骑着自行车从门口路过。
“呀，小智妈妈终于有收成了呢。”
“哎呀，大木博士，今年的气候格外的好，所以才能栽培的这么好。”
还没等两人聊上几句，原本晴空万里的天空，突然被乌云遮盖。
见此情景，吸盘魔偶连忙从房间里拿出一把雨伞。
还没等大木博士反应过来，天空中直接落下倾盆大雨。
不到几秒，雨停了，转而开始下起了雪。
“雪？现在是夏季，夏季下雪？”
“这到底是发生了什么事？”大木博士一边说着一边看向天空。
只见在乌云密布的天空的正中央，竟出现了一道极光。
渐渐的极光开始消散，而与此同时，数不尽的波波和地鼠都朝着同一个地方进发。
看着波波和地鼠前进的方向，大木博士有些担忧的说道：“大自然究竟发生了什么？”
而另一边，小子一行人也成功登上了亚西亚岛。
“小霞，小建你们没事吧？”
“没事，还好我们运气好。”
“那…那个，真的没事吗？”
两人转过头去，发现他们面前站满了穿着奇装异服的人。
受到惊吓的小霞急忙躲在了小智身后。
正当众人不知所措时，人群中发出一声疑惑，“咦？这不是小美吗？好久不见。”
女子一边说着，一边摘下了头上的头套。
看见昔日的友人就在面前，小美也有些高兴，“哎呀，是小优啊。我们有多少年没见了呢？”