周遇吉怒斩熊通，将首级送往京城，以显示自己效忠大明的决心。
再后来，太原沦陷，原任山西巡抚蔡懋德自尽身亡。
李自成在太原休整八天之后，又攻取了忻州，进而急攻代州。周遇吉在代州率领着不到万人的兵马，对抗数十万闯军，坚守数天之后，粮尽援绝，最后不得不率军突围后退保宁武关。
顾横其实曾经有问过洪承畴，为何会突然带周遇吉加入新军，置北方防守于不顾？
洪承畴回答说，宁武关位于山西中部，传说由凤凰所变，故有“凤凰城”之称。宁武是由太原北上大同的交通要道，大明景泰年间曾建筑关城，与偏关、雁门关一起成为防御鞑靼骑兵的山西三关之一，战略地位极为重要。
但无论周遇吉如何备战，以山西孤军是无法与李自成数十万大军或者建虏强军相抗衡的，周遇吉若一直守着山西，山西太原、代州等地的失守只是时间问题。
最后周遇吉必然要退到宁武关，因为宁武关地势险要，但是敌军肯定也志在必得，而周遇吉又有着一腔孤勇和对大明的孤忠，所以宁武关之战一定会相当惨烈。
但洪承畴说，周遇吉也是不可多得的军事人才，应该放入新军中，让他追随顾横，方能更好的发挥周遇吉的才华！
当时顾横很是震惊！
因为洪承畴的推测，与顾横熟知的有关周遇吉的资料是基本吻合的！
史料记载李自成的闯军在宁武关面前，因为在明军火炮猛烈的轰击伤亡较重，李自成便以“五日不降者屠其城”的宣传攻势希望迫使周遇吉投降。
随着日子一天天过去，明军火药也即将耗尽了，一些将领也曾劝说周遇吉改变策略不要一味硬拼，但被“一军皆忠义”的周遇吉断然拒绝。
周遇吉还继续在城内设伏，出弱卒诱敌入城，然后再下闸杀数千人。
由于周遇吉的顽强抵抗，李自成一度准备放弃攻取宁武关，但他手下的将领们一再坚持，再加上离宁武关最近的大同不但没有援兵派来，反而总兵姜瓖将降表送给了李自成，宣府总兵王承廕也有降表送来，李自成自是喜不自胜。
李自成的闯军因而再次对宁武关发起了猛攻，在火炮的轰击之下，关城不断坍塌，农民军冲锋的前队战死，后队马上跟进顶替，终于攻破宁武关。
李自成的闯军攻入关城之后，周遇吉继续指挥巷战，从战马上摔下来后又徒步奋战不止，在身中数箭被闯军生擒后也仍然破口大骂不愿屈服，闯军将周遇吉悬吊于高竿之上乱箭射死，然后又将尸体肢解。
周遇吉的夫人刘氏素来勇健，带领几十名妇女拒守公廨，登上屋顶向闯军放箭，全部被闯军烧死。
城破之后，李自成的闯军为了泄愤，于是屠杀宁武城，小孩婴儿都不放过，百姓被杀者甚众。
崇祯十七年，当明军都流行一触即溃望风而降的风气时，周遇吉特立独行的举动无论在当时还是在历史上均产生了深远影响，李自成因此一度准备撤回陕西，闯军攻入北京之后，士卒们还在说：“如果每一镇的主将都象周总兵那样，我们如何能够到达这里？
回想到这里，顾横望着周遇吉告辞后远去的坚挺背影，不禁多了几分敬佩！
几日后，周遇吉突然一脸喜色的来找顾横，顾横好奇地问道：“何事让周旅长如此开心？”
周遇吉很高兴地道：“公主，大喜啊！我刚收到确切消息，在这关键时刻，大西军镇守川北朝天关的刘进忠叛变降了建虏！”
“刘进忠？”顾横对这名字有些陌生，又有些许熟悉。
周遇吉赶紧介绍道：“刘进忠是大西军的重要将领之一。早年与大西军将士浴血奋战，有一定的战功，取得张献忠的信任。”
“但随着战争形势的不断变化，两年前，他在川南与杨展、张文灿作战时，就表现了通敌的迹象，私自放走