迁都之事太大，朱由检一时间拿不定主意。
按道理说，在现在的情形下，南京是比北京更适合当做都城。但是朱由检的主要根基却是在北方。
而且按照洪承畴的建议，是要把北京朝廷全部废除，在南京重建朝廷。事情是在复杂，一旦出现以外，后果难料。
眼下江西反贼二十万大军被击溃，江南形势一片大好，这个时候没必要太过激进，可以慢慢来。先把江南各省彻底平定，先进行均田改制再说。
“陛下，随着均田的地方越来越多，都需要委任新的官员，对这些新占地方的管理，必须有一套机构。若是不改组朝廷的话，如何能够实现完善管理？”洪承畴再次劝道。
对地方的管理必须通过朝廷，官员的委任，对地方的监督，钱粮税赋的征收等等，都需要一套完善的机制，而现在的制度其实是割裂的。陕北山东，还有辽东、江东这些“新占”地盘，其实是脱离北京朝廷管理的，实行的是一套新的制度。而其他省份，却仍然施行老得制度，仍然通过北京朝廷进行管理。这就造成了制度的割裂，管理的麻烦。
“这样吧，先在南京重建六部衙门，新收复地盘皆由南京六部衙门管辖。”朱由检想了想，说道。
“陛下圣明！”洪承畴喜道。这个决定意味着皇帝已经同意了自己的建议，南京新成立的六部衙门取代北京朝廷是早晚的事。
“南京六部官员经过了清洗，缺额太多。传旨下去，由锦衣卫审查一下原来六部剩下的官吏，没什么大问题的一律释放吧。”朱由检吩咐道。
六部主要官员都被处置了，剩下的都是小鱼小虾，没必要再下重手。成立新的六部衙门需要太多官吏，剩下的这些官吏若是没有大罪，尽可以使用，毕竟他们有着丰富的经验。
“是，陛下。”一旁的王承恩答应着，出去吩咐去了。
“陛下，南京六部的官员？”洪承畴问道。
“兵部尚书还是你当，户部尚书便是袁可立了。”朱由检道。
江南远未平定，接下来招募训练禁卫军，派兵征讨各省，战事会非常频繁，兵部尚书的责任很大，朱由检身边这些人，也只有洪承畴能够胜任这个兵部尚书。
随着新地盘的占领，接下来要进行均田释奴，要征收田税商税，户部的事情也非常繁杂，袁可立虽然年迈，精神尚好，足以胜任户部尚书一职。
但南京六部，还需要很多官员。
“吏部尚书，可调李邦华前来担任。”朱由检想了想道。李邦华现在是兵部侍郎兼左副都御史，其虽然是东林党一员，但为官清廉，能力很强，并不喜欢拉帮结派，任命他为吏部尚书比较合适。
“陛下，李邦华毕竟是东林党，算不得自己人，把官吏任免大权交给他合适吗？”洪承畴劝道。
“没什么不合适的，南京吏部的职权只是新占地盘，选官范围只能从科学院、商贸学校，吏考生，还有退役禁卫军军官这些范围。在这个范围内，随便他选用谁都行。”朱由检解释道。
“这还可以。但就怕他不肯。”洪承畴叹道。
“要想完全取代北京朝廷，需要太多的官员，朕手头的人手根本不足，只能从旧有官吏中挑选能用者，这也是没办法的事。天下大势如此，相信李邦华等能够看清形势，能够识时务。”朱由检道。
“那其他三部官员呢？”洪承畴问道。
“礼部尚书可由温体仁担任，工部尚书可由可由皇家科学院宋应星担任，刑部尚书可由锦衣卫都督田尔耕充当。”朱由检想了想，说道。
温体仁当个礼部尚书自然够格，但就怕其心中不爽，毕竟其现在有着内阁大学士的身份，现在只能在南京朝廷当个礼部尚书，距离其想要的丞相还有一段距离......
不过现在人手紧缺，也是没有办法的事，朱由检手中没有太多可用人才。