李兴之斩钉截铁地言明自己并非诸人所想的操莽之辈，朱由枢和朱常洵亦是一致认为，天子登基不过月余，诸官就如此藐视朝廷，若不严加处置，大明尊严何在？体统何在？
内阁首辅刘理顺和主办此案的左都御史孙之獬也坚决认为，新帝甫一登基就有大臣聚众于大明门冲击宫门，此事往大了看也可视为吴昌时他们对永历天子有不轨之心；往小了看也是吴昌时他们干犯礼制，于君上无礼，有亏臣节。
“丞相的忠心，本宫自然知道，宫外闹事的士子百姓大多也是被人蒙骗，天子刚刚登基，岂能大开杀戒，依本宫之见，只拿首犯，其余盲从者还是发还回家的好。”
张嫣自然知道李兴之说什么他不是操莽之辈，不过是虚妄之言，但是人在屋檐下，德王和福王又明确表示支持李兴之，而且刘理顺和孙之獬说的也有几分道理，所以不得不退了一步。
当然李兴之也做了退让，捕拿的一千多名普通百姓在训戒后，全部释放还家，至于闹事的国子监生员和一部分主动认罪的士绅轻者罚银了事，重则剥夺功名，只有吴昌时、吴甘中、周仲涟以及许直等朝官尽数羁押至南镇抚司，听候发落。
从乾清宫出来后，李兴之便带着徐以显、安巴、刘侨和刘理顺等人直奔北镇抚司，准备亲自提审周仲涟和吴昌时等人。
“董卓、曹操，你杀得了本官，可是你杀不了天下人心，若干年以后，本官犹能青史留名，而你这个活曹操注定会写进史书，受天下人唾弃。”
南镇抚司诏狱内，被铁索捆在木桩上的吴甘中等朝官甫一看到李兴之带着铁甲兵入内无不破口大骂起来，只有吴昌时面有戚戚，周仲涟两眼之中充满渴望之色。
“周仲涟，本相问你，牛栏山满洲兵设伏，和通州刺杀本相之事，你到底知道多少，尹兴民他们和尔等是否勾结在了一起。”
李兴之看也没看一众怒不可遏的文官，而是将目光放在了最先跪倒在锦衣卫面前的周仲涟。
“本官……下官……！”
周仲涟脸色犹疑，通州之事，主要是吴昌时算计，他虽有所了解，却知之不详，只知道此事牵连甚广，可谓牵一发而动全身，若是一旦败露，看李兴之这架势，说不得就要千百个人头落地。
“着锦衣卫立即捕拿周仲涟在京的家小，马三德你再传本相口谕，着南下的黄文昌和杨彪，立即派人去湖州捕拿周仲涟九族，不可放过一人。”
“丞相，不要……下官有罪，下官不该聚众生事，冲击宫门，但是下官……真没参与…………刺杀丞相之事啊！此事……此事……皆是吴昌时主持，下官实在不清楚啊……。”
周仲涟能在锦衣卫的铳口下摇尾乞怜，那自然也会在李兴之的威胁下出卖自己的同党。
“你不要血口喷人，本官何曾图谋行刺之事？”
吴昌时大惊失色，他没想到周仲涟居然如此不堪，被小李贼一恐吓，就将行刺之事和盘托出。谷
“吴主事，你怎么说？”
李兴之转头看向骇的说话都有些颤抖的吴昌时，笑眯眯的问了一句。
“欲加之罪、何患无辞，本官是不满你随意更改祖制，更改圣人道统，但是周仲涟硬说本官欲行刺汝，本官绝不承认，除非他拿出证据，否则本官便要反告周仲涟攀咬之罪。”
吴昌时知道，行刺的是都是自己一力主持，周仲涟那边，自己只不过落了一点口风，不过是为了坚定其跟随自己血谏宫禁之心，左右自己和他没有什么书信往来，没有证据，只要自己死不承认，李兴之便不能定自己的罪。
“呵呵，吴主事，你知道本相为什么非要抓你的活口吗？昨日本相清查通州全城，周延儒派来的参与此事的人已经全招供了，此刻正在押解京师途中，你若是现在认罪，说不得本相还能给你留个后，要不然，那可真要诛尔九族了。”