第二天一大早, 柯南和他的母亲“江户川文代”乘坐北原集团的私人飞机飞往美国，少年侦探团的几个孩子在机场跟柯南告别，也赠送了昨晚熬夜准备的礼物。经过一晚上的沉淀, 孩子们的情绪都稳定了很多, 一个个顶着红肿的眼圈，跟柯南约定了以后要经常写信、打电话, 放假的时候再一起玩。
柯南无奈地一一答应，但事实上他很清楚, “江户川柯南”今后再也不会出现, 他已经决定今后会用变声器以柯南的声音继续跟孩子们打电话, 然后逐渐拉长这个时间间隔, 直到关于自己的记忆从孩子们脑海中逐渐淡化, 就到了“江户川柯南”彻底消失的时候了。
他将会以工藤新一的身份重新与孩子们相识, 但不会告诉他们自己就是江户川柯南。倒不是不相信孩子们，只是这样的事情，终究还是知道的人越少越好。
同时他恢复原来的身体以后, 也不会立刻回到日本，以免有心人注意到“工藤新一消失的同时江户川柯南出现, 而江户川柯南刚刚消失, 工藤新一又再度出现”。不过曾经“工藤新一”和“柯南”同框出现过，而在大众的眼中, 工藤新一只是销声匿迹了一段时间，并不是死了或者失踪了，再度出现也没什么好奇怪的。只要旁观者对科学还有一丝丝尊重, 就不会脑洞大开地想到他变小又变大的经历。
只有北原苍介注意到, 在组织毁灭、柯南服下解药以后, 这个世界的时间终于逐渐趋向于稳定, 再也不会一觉醒来发现下雪了，过两天又变成炎炎盛夏。
但大概因为这是一个推理和侦探的世界，日本的犯罪率依然居高不下，米花町还是这个世界上最危险的地方之一。同时随着工藤新一去了美国，最近这段时间，美国的犯罪率也陡然飙升了一大截。
北原苍介：……
唔……主角的死神光环，威力好像变得更强了的样子。
一个月后，“去国外进行侦探的学习”的高中生侦探工藤新一返回日本，当天晚上跟毛利兰告白，两人正式成为男女朋友。只是第二天，据说工藤新一是顶着一对熊猫眼去学校的，于是帝丹高中的学生们没能为男神的回归而欢呼雀跃，反倒是工藤新一迎来了一阵善意的嘲笑。
在他回来的同时，北原家和阿笠家被炸掉的房子也都重建起来——名柯世界的建筑工人们训练有素，效率高得没话说，炸毁的房子几乎百分百地被还原了，添置家具这种小事，北原苍介自然交给了下属去完成，顺便还找了个理由给冢本数美的父亲升了两级，年末又发了一份超厚的红包。
随后，灰原姐妹住进了阿笠博士家旁边的别墅——因为之前的爆炸事件，屋主低价卖掉房子，连夜逃出了这座危险的城市。温柔善良的灰原哀姐姐自然受到了所有人的欢迎，不过平时放假的时候，孩子们还是习惯性地聚集在阿笠博士家，因为老人家里总有各种最新款的游戏和好吃的零食。而灰原哀也不需要每天监督阿笠博士的饮食了——为了能站在芙纱绘身边的时候看上去不要像是年迈的老父亲和漂亮的混血女儿，阿笠博士奋起了前所未有的决心开始减肥，虽然很辛苦，但心上人相伴，每天都开开心心的。
顺便一提，去找库拉索谈话的神野东可谓是气势汹汹地去，又一脸懵然地回来了。因为他还没开口，库拉索就坦诚了一切——她是在将要被处决的时候因为大脑特殊，所以被朗姆洗脑后变成了他的下属，其实本身对组织就没有多少忠诚可言。失忆又恢复记忆以后，洗脑的影响解除，库拉索甚至比绝大多数人都更加痛恨那个黑暗的组织。
在她还是朗姆心腹的时候，曾经负责过很多机密的任务，比如为朗姆安排出行时的身份或者从基地撤离的路线。所以库拉索恢复记忆以后发现组织的秘密基地正在被警察突入，她立刻找到了想要逃走的朗姆，毫不犹豫地杀了那个人。至于从朗姆手中得到