博士要求柯南不要把自己变小的事告诉任何人，包括小兰。因为跟那时天真地以为黑衣组织能被很快解决的柯南不同，阿笠博士听完他的叙述以后，就立刻意识到那是一个多么强大可怕的组织，因此才有这样的要求。
但是时过境迁，知道柯南身份的人已经不少了——他、新一的父母，小哀、苍介、还有大阪的那个少年，未来或许还会有更多的人知情，单单只隐瞒着毛利兰一个人，他就觉得没有那么必要了。
听着阿笠博士滔滔不绝地说着自己的准备，感受着那种期待，灰原哀垂下眼睛，沉默了很久。
她的目光落在影猫留下的那张卡片上，又回忆起了当初被黑衣组织控制研究杀人药物、却得知自己姐姐叛逃组织可能已经被处决的绝望和痛苦，还有自己前两天还以为被黑衣组织找到的恐惧……
灰原哀也渐渐有了决定。
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米花综合病院。
北原苍介独自坐在楼顶。栏杆外面只有一小片地方，一般人看着都会头晕，他却怡然自得地坐着，仿佛坐在舒适的沙发上一样。
夜晚带着凉意的风把病房里细微的声音送入到他的耳中——
“我的身份曝光了……”
灰原哀的声音听上去十分冷酷，但还带着隐约的一丝颤抖。
“……他们说，只要我重新回到组织，就可以既往不咎，因为他们希望我尽快进行因为我的离开而延宕下来的APTX4869的研究工作。”
“所以你才要来杀掉我这个知道组织存在的人吗？”
柯南听上去则是完全相信了她的话，声音平静中带着被出卖的心痛和自嘲。
北原苍介撑着下巴，听得饶有兴味。
“对，这是他们开出的条件。而且听说你爸妈和大阪那个少年侦探团明天也会消失。北原苍介的身份要麻烦一点，但组织会让他死在意外当中。另外，博士也被他们抓去当人质了……”
灰原哀丝毫不知道自己编排的人就坐在十几米高的头顶上，继续用那种黑暗冷酷的语调说：“抱歉，光是救下博士一个人，我就已经尽力了。不过……我让你先走，你应该感到知足，这样一来……你就不会看到父母跟朋友的死状。”
“砰”！
枪声响起。
柯南吓得心脏几乎停止跳动时，却发现眼前出现了一束赤红的玫瑰，顿时傻眼。
北原苍介光是想象着他的表情，都忍不住轻笑出声。
他听到灰原哀对柯南说：“如果你感情用事把组织的事告诉了她，毫无疑问，她也会变成组织狙杀的目标之一……”
“现在，你有三个选择……”
到这里，北原苍介就知道解药确实已经研制出来了，便没有继续再听下去，后面将会发生的一切，他早在很多年前就已经知道了。
他站起来，扶着栏杆轻飘飘地一跃，就跳了过去，顺着楼梯走下去。
他知道，其实灰原哀说得不完全正确。或者说，她是把琴酒那些人想象得过于善良了。
黑衣组织不是警察，他们虽然也会在行动之前进行周密的调查，但并不需要掌握什么真实具体的证据，而是“疑罪从有”。如果是组织自己的人，或许还会仔细调查，给你一个辩解的机会。但是无关紧要的人，杀就杀了，难道还怕伤及无辜吗？
工藤新一自从变小以后，就一直住在毛利小五郎家。如果柯南的身份暴露，从黑衣组织的角度来看，毛利小五郎父女就是给他提供食宿、提供庇护、帮忙掩护他的身份、协助他进行调查的同伙，谁能比他们更亲近？而且工藤新一是毛利小五郎看着长大的，还跟毛利兰是公认的一对，变小以后干脆就住进了他们家，这要不是极其信任的人，岂能做到这个地步？
什么？你说他们不知情？因为变小的工藤新一戴了一副眼镜，所以这对父女就没有把他