日本检方的第二个优势在于，起诉便宜主义——刑事诉讼法248条规定，认为没有追究刑事责任之必要时，可以不提起公诉。追本溯源而言，这一制度源于明治初期设立检察官公诉制度的客观条件约束：由于明治天皇时期的日本政府在财政上并不宽裕，而刑事审判系统的运作和监狱的维持费用都相当高昂。出于这样有些令人尴尬的原因，1885年，时任司法大臣山田显义在训示中明确提出了对轻微犯罪尽量以不立案或者警告释放为主要方针，并尽可能减少公诉，而这样的手段也确实通过免除了轻罪的司法成本而减轻了国家财政负担。在1923年修改刑事诉讼法的过程中，已经在执行当中逐渐占据主导地位的起诉便宜主义最终彻底压倒了法定起诉主义，在279条明文规定了与现有内容一致的起诉便宜制度条款。
在现代社会，虽然日本已经不再是那个财政极度拮据的穷人政府，但这一制度却仍然延续了下来——从有1500名法官的1890年到现在，日本的法官数量始终没有大的增长，大约只有1500人负责正统的案件诉讼（还有800名左右的简易法院法官和350人左右的家庭裁判所法官，以及一些任职没有到达五年，因而无法成为可以单独审理案件的职权特例助理法官的菜鸟助理法官），不到3000人的法官总数和年均三四百万以上的嫌疑人总量相比实在是有些捉襟见肘。如果没有起诉便宜主义和相关制度将这些案件分化处理，那么每位法官可能每年都需要处理超过1000件以上的案件。
（举例而言，1994年这个节点的话，大城市的法官大约人均要负担300件左右的案件，而且每个月还会有25件左右的新案件被委托给法官。与此同时，法律规定每一起案件每个月都需要至少开庭一次，等于说每个月都需要同时审理325件案件。一般法官都是每周开庭三天，也就是说每个开庭日需要审理25-27起案件，这也是袴田严案在次年九月就已经在进行第十七次公审的原因）
在这样的情况下，起诉便宜主义可以大大缓解法官系统的工作压力。例如，在1988年，日本的检察厅对共计235万名嫌疑人采取不予起诉的处理（80%以上是道路交通方面的嫌疑人）
而这样的制度，也必然为检方带来了相当大的优势——经验丰富的资深检察官往往根据起诉便宜主义进行筛选，专门选择起诉自己占据相当大优势的刑事案件，而对相对棘手的案件采取不起诉方针，因而法庭上刑事审判一审判决的有罪率高达99.9%甚至以上。
相比之下，英美法律体系的有罪率就要低很多，而他们的法官也会很明确地意识到被告可能是无罪的——在英国，认罪的被告不需要进行审理，法官需要审理的案件一定是被告否认自己的罪行的状况，而最终审判后的无罪率高达60%以上（1999年为64%）。而在美国，法院只对否认起诉事实的被告进行正式审判，而联邦地方法院和一审法院的无罪释放率也同样有12%以上。
在这样的对比之下，日本法官几乎对于被告的伸冤已经麻木了：他们在逐渐已经“学习”到了“被告都是有罪的”这样一个“知识”之后，在看到新的被告的时候自然就会下意识地认为这一定又是一个检察官们拥有充分证据，可以确保将其送进监狱的犯人。最终出现哪怕是检察官们的证据有明显漏洞，也可能因为过于信任他们而没有发现，最终产生冤假错案的情况。
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作者：我举个栗子，2016年日本检察统计年报的数据，检方一共处理了112万人，而最终仅有32万人被选择性起诉，最终被判处无罪的人数是104人，起诉有罪率大约是99.97%左右。
至于刑事案件的有罪率……判有期徒刑以上刑罚的总人数是55039人，而所有起诉案例的总无罪人数是104人，这