大明市舶司沿袭前朝之制度，管理海外诸国朝贡和贸易事务，是一个彻头彻尾的衙门，其中设置提举一人，从五品，副提举二人，从六品，属下吏目一人，从九品。而整个市舶司衙门则隶属于布政司下，因此税收大权完全掌握在布政司等长官手中。
问题也就在于这一点，朝廷对于市舶司并不重视，也往往存着几分提防心理，担心市舶司的发展会引来外来的麻烦，因此市舶司屡屡遭受废止。
像明朝最早的市舶司还要追溯到吴政权时期，当时朱元璋在大元至正十二年时在直隶太仓州黄渡镇设置市舶提举司，后来到了洪武三年又因为太仓逼近京城的缘故，将市舶司改设在广东广州、福建泉州（后移至福州）、浙江宁波各一司，其中广东的是专为占城、暹罗、满剌加、真腊诸国朝贡而设，而在福建的是专为琉球朝贡而设，在浙江的是专为日本朝贡而设。cascoo.net
可以说，大明最早的市舶司真正贸易作用并没有发展出来，而是更像是一个宗藩体系下的接待地点，因此在洪武七年就又被废止。