只有独孤轩轩和独孤无寿知道，离家出走之后的独孤轩轩是去寻找独孤圣教，经过千辛万苦之后见到了冒名顶替独孤庆天的独孤教主独孤无寿，独孤轩轩拆穿了独孤无寿的真面目，独孤无寿苦于武功和心机都不如独孤轩轩，此时的独孤轩轩的断魂剑已经初具规模，再加上一笑山庄少庄主秦小痴前来江南祁府传授一笑剑法，所以独孤轩轩的剑法突飞猛进，不可同日而语。
独孤无寿怎能是独孤轩轩的对手，独孤轩轩在制服独孤无寿之后，便自己将自己立为独孤圣教的圣女，这样一来，独孤轩轩便凌驾于独孤无寿之上，因为独孤无寿本身就是一位冒牌的教主，只是独孤轩轩没有揭露而已，想着只要独孤轩轩不揭露自己的真实面目，什么要求也都答应，反正独孤无寿知道自己的武功与独孤轩轩相差太大，也没有什么资本来进行讨价还价。便只好任命。
独孤轩轩并没有想要当独孤教主的想法，只是觉得独孤圣教本是自己的父亲独孤庆天所创，如今竟然落到叔叔独孤无寿的手里，此时独孤轩轩并不知道父亲独孤庆天乃是被自己的这位叔叔独孤无寿所害，想着自己当上圣女，只要独孤圣教出现异常情况，独孤轩轩便可以立即出手掌控大局，如此一来，也不至于让独孤圣教没落。
后来，独孤轩轩得知父亲独孤庆天被叔叔独孤无寿囚禁在龙门山日光岩的山洞之中。只是当时心中怨愤，便认为父亲独孤庆天这是恶有恶报的结果，也就没有放在心上，任由叔叔独孤无寿自己做主。
独孤轩轩知道叔叔独孤无寿对自己是处于一直防范的状态，但是因为是自己的手下败将，又不能不服从自己。至于后面独孤无寿在暗中培植忠于自己的势力，独孤轩轩是有所知道的，只是有些看不起的缘故。