郑克臧最终对这件恶性案件作出了处理，对犯事的士卒一律枭首。
首级石灰封存由军法司带着传阅各屯垦驻军以作警示，同时责令军法司在全军范围展开巡察，严打此类恶性案件。
让陈绳武松了口气的是殿下对何祐的处理更多地是代表态度的象征性惩罚，由都督变为权（代）都督，军衔由护军降级为龙虎将军，罚俸一年。
郑克臧最终还是念着马震当初琼州之战的功劳和这半年的良好表现，将他的军衔连降两级，跌到了校尉阶，职位也由一镇主将降为副将，郑克臧为怀威镇另外指派了一名主将：因为父亲去世丁忧刚满期的义武镇主将陈侃。
而陈梦玮直接被失望的郑克臧免了南镇抚司指挥使的职务。
郑克臧觉得南镇抚司在他手上实在没有发挥应有的作用，安排他去了礼部负责扩建高山番蒙学的事。
他没有采纳陈绳武将怀威镇士卒全部打散的建议，怀威镇毕竟在茂利的屯垦点开垦和煤矿开采上立过功劳。
只因为几个犯罪的士卒而要将整个军镇裁撤，不免会激起这些伪清降卒们的抗拒不满，容易生乱。
但怀威镇也不能继续留在茂利屯垦点了，郑克臧最后将其划到了东军，移防至澎湖，不再归何祐指挥而改为受江胜节制。
而对陈绳武提出的屯垦地点环境艰苦，长久驻扎心生不满等担心，郑克臧思考良久后决定建立常规的移镇制度。
不仅在城镇驻军与屯垦点驻军间定期进行换防，在琼州东宁之间，不同州府、不同屯垦点之间也定期进行换防。
在军事改革之前，因为屯垦营盘田的存在，使得移镇换防实现起来十分困难。
大家不愿意放弃辛苦屯垦好的田地跟别人换地盘，万一换的没自家的好呢。
但在军事改革后，营盘田作为军队公田被剥离出来，由中央统一进行分配，使得换防成为了可能。
这样一来既解决了陈绳武所提的长久驻扎屯垦点易滋生不满的问题，同样也对地方手握军权的将领如杨彦迪、何祐、邱世宁等人起到制衡作用。
借着这次建立换防机制的机会，郑克臧采取了陈绳武的建议，对军队编制和军职重新统一划分，以更好地适应军事改革后的明郑军队。
在军事改革之后除了中央五镇以外，各军镇正兵基本在一千人左右，辅兵大概在一千五百人左右，郑克臧重新对其进行了划分。
首先将陆师划分为两个不同的体系：征讨军镇与守土军镇
按明郑军队现在的编制，两个军镇共计两千正兵，三千辅兵，其中分派一千五百正兵配一千辅兵划为征讨军镇，剩余五百正兵与两千辅兵作为守土军镇。
顾名思义，征讨军镇负责随时听调出征，而守土军镇主要负责防守本土，在必要时听调出征。
而在军职方面，陆师分为东西南北中五军，东南西北各军设都督一名，都护两名分管征伐、守土军镇。
各军下辖军镇五至六个，其中守土军镇三至四个，征伐军镇固定两个。
中军不设都督，由郑克臧直领，中军五镇加上神机镇全部为征伐军镇，另外各军还设有神器营（炮营）、辎重营（保障后勤）、工程营、骑兵营（暂缺）等独立建制军营，与军镇同级。
各军镇设统制一名，副统制两名，协统制（参谋官）四名，统管五协，各协设参领一名，副参领两名，下辖五标，每标设管领一名，副管领一名，下设五队，每队队正一人，队副一人，编制为二十人。
同时各军镇还设有军法司佐官、南北镇抚司派遣官等由中央直接任命的辅助军官。
目前西军驻扎在琼州府，都督杨彦迪，防守区为琼州北部，南军驻扎在崖州，都督邱世宁，防守区为琼州南部。
中军驻扎在承天府，东军驻扎在天兴州，都督一职空缺，负责西海岸南侧屯垦点和澎湖的