之后，三好长庆还以越水城为自己的新本据。越水城虽然表面上原理山城国，实际上却邻近濑户内海，还能随时得到阿波、澹路等地的己方势力支援。
其实，乐于见到木泽长政败亡的不单单只有细川晴元和三好长庆，还有细川高国的养子细川氏纲。
天文十二年，七月。细川氏纲就趁着木泽长政败亡后不久，就纠集了大量浪人、细川高国一方旧部，以及京畿诸国之中反细川晴元一方的各方势力，就连本愿寺方面，他都送去了邀请，打算趁此机会一举击败细川晴元一方。只是本愿寺不愿再次介入京畿诸国的纷乱，直接拒绝了细川氏纲的邀请。
细川晴元虽然想铲除三好长庆，但是在细川氏纲揭竿而起，意图夺取京兆细川家家督之位后，他又不得不重用三好长庆。因为眼下，京兆细川家急需三好长庆来填补木泽长政的空缺。
然而，细川氏纲一方虽然表面上处于劣势，但是其生命力却异常强大，而且细川氏纲一方的武将皆分散在京畿诸国的各地，细川晴元一方难以一举将其歼灭。
因此，细川晴元一方与细川氏纲一方的交战一直持续了三年左右，完全没有任何的进展。
也就在双方陷入胶着的同时，先前出卖了木泽长政的游左长教却突然一改保持中立的态度，正式与细川氏纲联起手来。不仅如此，就连先前曾经支持细川晴元的摄津国人领主们也都在游左长教的影响下纷纷倒向了细川氏纲，甚至连足利义晴都按照与细川氏纲进行联系，意图借细川氏纲之刀诛灭架空幕府的细川晴元。
在天文十六年七月的舍利寺之战后，细川晴元便打算斩断细川氏纲的一大臂膀，便安排三好长庆去与其进行接触。可他万万没有想到的是，此举最终会葬送了京兆细川家的霸业。
游左长教可是一个非常识时务的人，见舍利寺之战后细川氏纲一方惨败，便乐于倒向细川晴元一方，并且在得知三好长庆的正室在前不久逝世后，便主动将自己的女儿许配给三好长庆作为继室，两家正式结为同盟。
然后，更令细川晴元意想不到的是，三好长庆、游左长教二人在天文十七年纷纷倒向细川氏纲一方，并且迅速攻打隶属于细川晴元一方的武将。
到了天文十八年，双方在江口一带展开交锋，三好长庆将三好政长所部一网打尽，最终迫使三好政长在逃往时溺毙，细川晴元一方被讨取八百余人。细川晴元本人见战局无力回天后只好逃回京都进行死守。就连原先准备策应细川晴元的两万余六角军也在伪报（得到细川晴元被讨取的误报）下撤回了近江，使得三好长庆获得了全面胜利。
在江口之战获得大胜的三好长庆于天文十八年八月进入京都，但他所看到的却是将军远逃和群龙无首的京都。
对于足利义晴来说，细川氏纲与三好长庆无疑是在犯上作乱，导致自己再一次被逐出京都的罪魁祸首。而细川晴元也与足利义晴是一条绳上的蚂蚱，根本没有铲除的必要了。
可足利义晴与细川氏纲、三好长庆等人僵持到天文十九年五月，仍然没能再次回到京都，反而病逝于坂本，将自己未尽的事业全都留给了自己的长子足利义藤（足利义辉）。
而此刻的六角义贤想从京畿诸国的纷乱之中抽身而退，便擅自代细川晴元向细川氏纲、三好长庆一方进行议和，并且开出了极为有利于他们的条件：一、细川晴元长子聪明丸由三好长庆担任后见役抚养成人，之后继任管领职；二、在细川聪明丸元服之前，由细川氏纲继任管领、京兆细川家家督、细川家一门总领等职；足利义藤返回京都。
面对六角义贤所开出的这些条件，细川氏纲和三好长庆二人自然是求之不得，双方很快就一拍即合。而细川晴元也只好被迫接受这些条件，因为他此刻已经完全没有任何选择的余地，只能将自己的长子聪明丸送至三好长庆的本据越水城。