皇甫嵩凯旋洛阳后，上书刘宏，说平定冀州黄巾军的战法，就是卢植当初定的方案。于是刘宏恢复卢植原职，仍任尚书。
公元189年，汉灵帝刘宏驾崩，大将军何进掌控朝政。为了铲除"十常侍"等宦官，何进征召董卓等地方军团进京。卢植竭力劝告，说不能让董卓进京，但何进不听。
该年八月，宦官政变，何进被杀，董卓进京，掌控朝政。董卓欲废少帝刘辩，立陈留王刘协为帝，满朝文武个个噤若寒蝉，唯有卢植挺身抗辩，并怒斥董卓篡权蠹国、涂炭苍生，气得董卓七窍生烟，下令处死卢植。蔡邕为其求情，议郎彭伯直说："卢尚书乃海内大儒，士人之望！如若杀他，天下人皆会失望。"董卓这才改为免职卢植。
不久，卢植以年老身体不适为由，请求返回家乡涿县聊度残年。末等董卓准允他的批文下达，卢植就抄小道，离开洛阳。董卓收到卢植申请后，生怕留下后患，即派人一路追杀到涿县，但遍寻不着卢植。其实卢植打了个晃眼，他没回涿县，而是去往幽州上谷郡隐居。
公元191年，袁绍取得冀州后，拜卢植为军师。莅年，卢植逝世。临终前，他叮嘱儿子："挖土穴薄葬，不用棺木，仅留贴身单衣即可。"
卢植著有《尚书章句》、《三礼解诂》二十卷，还有文集二卷，可惜已佚失。《全后汉文》收录有《始立太学石经上书》、《日食上封事》、《奏事》、《献书规窦武》、《郦文胜诔》等言论。
公元207年，曹操率军北伐乌桓，途经涿县，专门向全军下发通告，称赞卢植的生平，并派人为其扫墓。
公元647年，唐太宗诏令历代先贤先儒二十二人配享孔子，内中就包括卢植。公元1009年，宋真宗追封卢植为良乡伯，仍从祀孔庙。
卢植墓位于河北省涿州市清凉寺办事处卢家场村约百米处。墓地占地十亩，修建于2001年。为提高瞻仰档次及方便游人瞻仰，设有影壁、大殿、牌楼、停车场等，卢植墓封土高约3米，直径9米。