然而天有不测风云！也就是正在朱元璋为日后打算颇感心安之时，却又突然接到了许多参奏秦王无法无天与当地为非作歹的奏折。由于早有效仿周唐迁都长安之意，加上有意辨明奏折真伪；朱元璋遂当时便派太子朱标前往了陕西代为巡访。却不料！一番巡行下来，太子归来后就身患恶疾；不久便撒手归西了。
突如其来的晚年丧子之痛，不但使朱元璋深受打击；而且还使他一度消沉就此卧床不起！但想到了大明储君尚无着落后，抱病在身的朱元璋还是不得不强打精神；在太子子嗣中物色起了继任人选。
当时朱标虽然也有数子，但由于长子朱雄英早已夭折；剩余诸子大多年幼，朱元璋却也只能将所有希望放在了其庶出之子朱允炆的身上。其间，得知这朱允炆自打朱标患病以来就悉心照料昼夜不离；加上生性仁厚颇有乃父之风；当时就使朱元璋不由生出了几分欢喜。于是再一番考量下来，眼见出口不凡的朱允炆确实颇有见地；朱元璋遂当即便将其册封为皇太孙，以作为日后继承大明江山的储君.....
因此眼见那蓝玉日益骄狂，朱元璋这才在心生寒意的同时；不得不命人对其展开了暗中访查。是嗬！这蓝玉本是太子妃常氏舅父，朱标若在；倒还好说。如今太子一死，皇太孙尚且年幼；难保其不生出二心......心念及此，虽然有心防范；但得知了眼下军中状况后，还是使朱元璋立时便生出了一种沉重的威迫之感！
据调查：近些年，蓝玉势力不但早已遍及了全军及各地卫所；而且其本人威望也已远远超过了冯胜等元勋宿将......‘什么？此人竟已大权独揽！假以时日，必将形成君弱臣强的局面’一番回告听完，眼见形式已迫在眉睫；深感不安的朱元璋这才下令正式开始了调查取证。也正如所料！当日锦衣卫指挥使蒋瓛告发蓝玉谋反后不久，其许多相关细节也随之纷纷浮出了水面。
如府军前卫一前所管步军百户李成供述：蓝玉曾对李成等人说‘我亲家靖宁侯（指叶升，坐胡惟庸案死）做到候的位子，如今把他废了。前日说教作太师，今番又着别人做了。我想上位（指皇上）容不得人，公侯每废了几个，久后都是难保全的。你众人南征北战许多年，熬得个千百户、总小旗做，没一日安闲快活，你肯随着我一心时，早晚来我跟前听候。兴武卫指挥佥事董瀚的供状云：蓝玉也曾对他说‘我亲家靖宁侯南征北战，受多少苦，熬得做个公侯地位，也把他做胡党全家废了，我自征进回来，见上位好生疑我，料想他必是招出我来。不如我如今趁早先下手做一场，免致后患。我已与库军等卫头日商量定了，未知你众官人心下如何？’东莞伯何荣之弟何宏状载：蓝玉曾对詹级说‘詹尚宝，你老子同我做东宫官，我说与你，你见本朝文官哪一个有始终？便是老太师（指李善长，此前坐胡惟庸案死）也罢了，如今上位病缠在身，殿下年纪又小，天下军马都是我总着’.....
.‘启奏圣上：蓝玉其人反形已具，罪在不赦！依律该当凌迟处死！’触目惊心的一番通传下来，得知朝廷中也有人与其沆瀣一气后；当场就有人参奏道。但面对众臣义愤填膺的纷纷上奏，朱元璋却还是只将蓝玉当庭杖毙；并未过分追究。‘且不说此人乃是蜀王朱椿的岳父，好歹也要与皇家留下颜面；即便是处以凌迟碎剐，料那蓝玉一时也难以死去！若是因此而激起其爪牙提前举事，一时之间，必定难以应付’朱元璋暗忖。