根本上解决中国的问题。其时，在世界范围内，民族主义、无政府主义的暗杀活动正风靡全球，这同样也被当时中国的热血青年奉为最时髦、最便捷、最有希望推翻一个破落王朝的不二之法。
当时中国的革命党人，在日本的留学生如徐锡麟、秋瑾、汪精卫、任鸿隽、鲁迅等都曾纷纷投身到这股激流飞溅的大潮之中。
这时的蔡元培，英雄豪情丝毫不输于这些革命家们。但是，他比这些年轻人多了一份成熟和周详。
蔡元培主持的爱国学社，其活动主要集中于1903年的上半年。
爱国学社有意仿效日本西乡隆盛等人当年的办学宗旨：“重在精神教育”。以灌输民主主义思想为自己的主要任务。
蔡元培主讲伦理学，在讲课中大力提倡民权、女权，"公言革命无所忌"。
他把返乡闭门著书的章太炎请来教国文。
章太炎在作文课上命学生们各作本人的《本纪》一篇。"本纪"是中国正史中专门记载帝王生平和国家大事的一种体裁，章太炎让学生们自书《本纪》，以示对封建君主专制的蔑视。有的学生在《本纪》中述及自己由保皇到革命的思想转变过程，章太炎便用自己摆脱束缚的体验来鼓励他们。
吴稚晖授课时则用严复译的《天演论》作为课本。
学社最富特色之处是学生自治制度。学生在校内享有很大的权利和自由。住宿生实行自治制，设有评议会，监督学校行政和学生操行。
有的高年级学生还充当寻常班的教师，更促成了一种平等地氛围。学生们经常同教师一起外出参加政治活动，学社在教育上的创举和活跃的政治风气，吸引了许多青年前来就学。
爱国学社的师生还经常在社会上公开进行政治宣传。
地处静安寺路（今南京西路）之南，同孚路（石门一路）之西，旧址在今泰兴路南端，有一个曾叫做张园的所在。在上个世纪二十年代前，这块地方还不是弄堂，而是繁华上海的缩影。是那个时候公认的上海私家园林之最。是游乐场，也是体育场，能办私家茶话会，也能办公开演说。这里，人们甚至可以乘坐过山车。
张园安垲第大洋房是张园的地标性建筑，爱国学社的师生每月都要到张园安垲第演说一次。与会演说者都极力主张革命，以吴稚晖的演说最具风采。章太炎有时并不演说，只是大叫"革命，革命，只有革命"，同样博得听众们热烈欢迎。
爱国学社还附设蒙学堂，创立童子会，出刊《童子世界》。东京留日学生组成拒俄义勇队后，爱国学社社员也准备组织。恰好南京陆师学堂发生学.潮，退学学生章行严（士钊）、林砺来沪联系加入。
不久，陆师学生四十余人都编入爱国学社学籍，在校成立军国民教育会，开始进行军事操练。36岁的蔡元培脱去长衫，与学生共同操练，躬身实践其“尚武求强”的主张。
学社与其是学校，不如说是鼓动革命的机关，事实上也确为为辛亥革命培养了众多的革命战士。
蔡元培曾经回忆说：“自组织爱国学社，我已离开公学为学社教员。那时候同任教员吴稚晖、章太炎诸君，都喜言革命，并在张园开演说会，凡是来会演说的人，都是讲排满革命的。我在南洋公学时，所评改之日记及月课，本已倾向于民权女权的提倡，及到学社，受热烈环境的影响，遂以公言革命无所忌。”
又回忆说：“自36岁(1902年)以后，我已决意参加革命工作。觉得革命自有两途：一是暴动，一是暗杀。在爱国学社中竭力助成军事训练，算是下暴动的种子。又以暗杀于女子更为相宜，于爱国女学，预备下暗杀的种子。”
1904年底，蔡元培联络江浙一带的同志，一起成立了近代中国近代史上赫赫有名的反清革命组织光复会，蔡元培被推举为会长。
光复会又名复古会。19