荆襄一带遍设机关，发展组织，“旬日间拥众数万人”。
五月二十日，改进团的重要成员容景芳正在汉口如寿里请客，被黎元洪的侦探破获，当场逮捕在座的旅、团长多人。接着又侦破改进团的秘密机关多处，捕拿数十人。黎元洪命令秘密处决二十多人，同时下令通缉改进团首要分子季雨霖、熊秉坤等。
季雨霖、蔡济民、詹大悲、吴醒汉、熊秉坤等先后逃离到上海和湖南。
湖北革命党人几经镇压，党人被杀得已差不多寥落殆尽、所剩无几，且难以在湖北立足。因此，在以后的“护国”、“护法”两役中，湖北始终未能掀起大的波澜。
如果说同盟会和民社的相互攻击，是民主阵营的内斗。而湖北的倒黎活动和黎元洪对倒黎势力的镇压，则是民主阵营的自残，自相残杀。在这场恶斗中，黎元洪虽然是被动的一方，是为了自保，但他对党人的血腥杀戮，也肯定是罪责难逃。从此，黎元洪除了泥菩萨外，又有了个新绰号——黎屠夫。
想当初，黎元洪奉命带兵去江西萍乡，弹压那起土匪冒充革命党人的暴动。出发前，因为搞不清暴动的是土匪还是革命党，黎元洪专门给军官们开会。特别强调，此次军事行动，一个重要问题，是要搞清楚暴动的是革命党还是土匪，对二者是要不同对待的。
现在，站在他面前的都是革命党人。他却不分青红皂白的大开杀戒。人们常说，就怕革命革到自己头上。是的，事怕关己，当革别人命时，可以很超脱，而革命革到自己头上就不一样了。或许，这就是个人的局限性。
经过一番残酷的镇压，黎元洪的统治刚刚稳固一些，更大的威胁又降临在他的头上。
自张振武案后，黎元洪已经身不由己，只能靠向袁世凯。
二次革命时，黎更是一面倒向袁，袁世凯也没辜负黎，一个劲给黎元洪戴高帽子。曾亲笔写“民国柱石”四个大字制匾送黎。袁和国民党决裂后，又亲书“中华民国副总统府”八个字，制成宽五寸、长四尺八寸的长匾，派专使送到武昌来，挂在都督府门外。
尽管黎元洪不遗余力的追随，可是袁世凯终于不把黎当做自己人，更不放心把这位“民国柱石”摆在湖北都督的位子上。
早在袁世凯接收南京临时政.府时，就发表过以黎为参谋总长的命令，其用意是想以这个位高而无实权的位子来交换湖北都督职位。二次革命时，袁在对南方用兵过程中，一忽儿要黎兼领江西都督，一忽儿要黎兼领湖南都督，其目的都是在绕着圈子要把黎调出湖北来。
而黎元洪呢？也不傻，他虽然是处处顺从袁，但是在这件事上却寸步不让，就是不肯离开自己的老窝，不肯离开湖北。
在对南方用兵时，袁世凯本有一个企图，是借军事理由，派段芝贵率兵入鄂，这是“假途灭虢”的故计。只是黎元洪这个时候全身心的维护他，使他找不到进军湖北的借口。
在镇压了二次革命后后，袁便不止一次用“久仰、渴慕”等甜言蜜语引诱黎元洪北上和他见面，黎则推三阻四，想尽理由来婉拒北上。
袁终于忍耐不住了，下决心解决黎元洪和湖北问题。于是在民国二年十二月八日，密电召黎入京，同时特派段祺瑞到汉口劝驾。
段祺瑞八日到达汉口，黎元洪当然知道段是袁的第一号心腹大将，派这样一位角色来请驾，是绝对不好推脱的。
段催促得很急迫，要求黎立即动身。黎深知此次情况不同，不北上是不可能了。便邀集左右，举行了一次秘密会议，决定派都督府参谋长金永炎代理都督，自己抱着入虎穴的心情决定入京走一遭。
段祺瑞在湖北只和黎元洪匆匆一面，就替黎预备好到北京去的专车，十二月九日当面催促黎动身。
十二月十日，黎元洪正在北上途中，北京发布了总统命令：派段祺瑞权代湖北都督，派周自齐代理