通过诛杀、流放、罢黜司马元显的党羽，桓玄提拔、选任了一些被排挤的士族，朝政重焕生机，京城一片欢腾，朝庭内外都期待政局安定。
自觉一切尽在掌握，桓玄决定学其老父桓温移镇姑孰，遥控京城，专心为接下来的篡位做准备。
四月十二日，桓玄辞去录尚书事，出京出屯姑孰。天子下诏准许，称“大政皆就咨焉，小事则决于尚书令桓谦、丹阳尹卞范之”。
回到姑孰后，桓玄着手处理他认为的小事，一件是派冯该统军两万夺回雍州，二是让冀州刺史孙无终追拿叛逃至广陵的刘敬宣以及司马休之等人。
大军起程当然不是说动就动，摆在桓玄面前的是粮草不足了。从荆、江两州带来的粮草消耗得差不多了，京中根本没有多少粮食，连六军的粮饷都要靠桓玄接济。
桓玄一面命冯该操练兵马，一面下令从荆州、江州、豫州、徐州、杨州、广州等地征调粮草到姑孰。只是除了广州，各地都经战乱，筹措粮食十分困难。
三吴原本是建康的粮仓，可是经孙恩祸乱有年，发生大饥馑，百姓不是被饿死便是逃亡他处，户籍减少一半以上。曾经最为富庶的会稽郡人口减少十分之四，而临海、永嘉等靠海的郡，百姓死亡殆尽，不少富豪之家身穿绫罗，怀揣金玉，饿死在家中。
新任会稽内史王愉(王国宝的三哥)接到桓太尉征粮的命令，烦得眉头拧成疙瘩，若不从命仕途难保，若要从命，粮从何来？
小吏飞奔进来呈上临海郡太守辛景的急报，急报禀明孙恩得知建康 生变，再次率军来袭，临海告急，请求会稽和朝庭派兵增援。辛景是桓温旧将，此次随桓玄东来，被授为临海郡太守。
很快，身在姑孰的桓玄收到了孙恩 来袭的战报，桓玄真没把孙恩放在眼中，对于朝庭拿区区道贼毫无办法嗤之以鼻，他正要借孙恩展示荆州兵马的雄壮。
兵马尚在调集，临海传来捷报，辛景击溃孙恩的变民军，大开杀戒，将孙恩裹胁的百姓无论男女老幼斩杀殆尽。
孙恩自隆安三年(399年)做乱以来，历时四年，整个三吴地区被其祸害得民不聊生，去年败给刘裕后元气大伤。此次再败给辛景，数十万之众只剩下数千人。
孙恩心灰意冷，生怕被俘，投海自杀。他的门徒党羽，以及姬妾、舞女等人一同自杀有数百人之多。
残部尚余三千余人，推举孙恩的妹夫卢循为盟主。卢循，出身范阳涿县，东汉名儒卢植之后，后赵中书监卢谌曾孙。
范阳卢氏像弘农杨家一样，曾出仕胡族政权，过江又晚，建康士族不承认卢氏的士族地位，卢家只能在广陵安家，其后人卢嘏在州府任小吏。
卢嘏与其子卢循加入五斗米道，卢循娶孙恩之妹，成了教中的核心成员。孙恩赴海而死，卢循顺势接过了道首的位置。卢循假托孙恩借水蜕躯登仙，尊其为“水仙”，愚弄信众。
紧接着，卢循派人前往建康向朝庭表示归降。
桓玄看不起这伙作乱的变民，孙恩已死越发不足为患。桓玄最主要的目的是准备篡位，对他而言是联络士族门阀的感情，能尽快恢复三吴地区的秩序能提升他的声望。
于是桓玄任命卢循为永嘉太守，希望先行安抚住卢循。然而卢循对朝庭的任命并不满意，永嘉在临海之南，多山少田，经过孙恩祸乱后的永嘉郡根本就没有几个人。就任永嘉太守后，卢循并不安份，出兵劫掠相邻的东阳郡和临海郡。
桓玄见卢循如此桀骜不驯，派新投靠的抚军中兵参军刘裕率兵攻击卢循，卢循战败，退回永嘉。
屯驻姑孰后的桓玄告很快露出骄奢本性，搜刮珍宝，将宫中奇珍异宝抢至姑孰；纵情享乐，挥霍无度，让原本濒临崩溃的经济越加不堪重负。
桓玄离开建康，安排尚书令桓谦和丹阳尹卞范之负责朝政，桓谦是其堂兄，卞范之是其心