和珅伏法之后，嘉庆也继续下发诏令，逐渐更新乾隆末年的部分弊政。
首先，对于地方之上声名狼藉的官员，嘉庆逐步展开查办，比如湖广地方上贪纵不法，激起民变的湖南布政使郑源璹、湖广道员胡齐仑、武昌知府常丹葵等人，虽未必与和珅有所交集，但贪虐形状属实，一律革职查办。和珅另一亲信，云贵总督富纲，也在不久后被革职拿问，押解入京。
接下来，嘉庆依从朱珪建议，将议罪银之制认定为“和珅所创弊政”，有了和珅的名义，那么废除议罪银，自然也就是顺理成章之事了。
随后，嘉庆开始下诏求言，声称无论官民，均可向军机大臣或各部院上书，后改为向都察院投书，总之即便是平民百姓，也可以向朝廷陈述所见弊政。而且就理论而言，除非嘉庆亲决，否则都察院不得将平民上奏视为“妄诞”之言。（然而，因上奏文书数量众多，都察院擅自退回平民上奏之事，也依然有例可循。）
同时，对于乾隆朝因诗文著书犯禁的部分犯人家属，嘉庆亦宣布予以开释，徐述夔、王锡侯两家现存家眷，得以回归乡里。在诏书中嘉庆也声明：“殊不知文字诗句，原可意为轩轾。况此等人犯，生长本朝，自其祖父高曾，仰沐深仁厚泽，已百数十余年。岂复系怀胜国，而挟仇抵隙者。”一时间民间挟诗文检举之事，渐渐无闻。
清除旧弊的同时，嘉庆也厉行节俭，嘉庆四年因大行皇帝梓宫尚未安葬，暂停避暑山庄之行。先前新疆官员奉和珅之命，开凿大和阗玉送往京城，嘉庆得知此事之后，即令前方官员将大和阗玉弃置。乾隆庙号谥号，此时也已定下，庙称高宗，谥曰纯皇帝，后世谥号有所增益，暂时不表。
对于中外官员，嘉庆进一步进行调整，前线大员宜绵、秦承恩因久战无功，即行革职拿问。松筠回归中原，暂任陕甘总督，阿桂一力提拔的干吏吴熊光，被授予河南巡抚。在四川以清廉闻名的刘清，也被嘉庆委以安抚战区百姓的重任。前线这时也屡传战果，冉文俦、冷天禄等白莲教领袖均被剿灭。
就连衍圣公府之事，嘉庆也进行了调整，原本乾隆要求于氏抚养孔庆镕，嘉庆亲政后，以于氏外家不得擅自干预孔府家事为由，将孔府要事暂且交归孔宪增处理。对于孔府父子姐弟而言，这也是最好的结果。
此时，嘉庆也将大权暂时集中在南书房，以备政权过度之用，阮元也得到更多重任，暂署兵部左侍郎，参与绿营各部将官任免调用之事。一时眼看朝廷之中，皆是王杰、刘墉、纪昀、董诰、朱珪等元老重臣，阮元也不禁感慨，此时已是众正盈朝，再兴盛治，或许有望了。
只是阮元的日子，却也一直不得安歇。虽然没有了捉拿和珅，策应其中等机密要事可言，不需要再一直等到入更才能还家。可一时间南书房集中了大量各部公文，阮元既需要负责礼部乾隆大礼事宜，也需要参与兵部将官任免，每日在南书房中，依然辛苦。大多数入值之日，都需要一直忙到申正之后，才有可能退值，这在清代已经是极晚的退值时分。
眼看北京城已是冬去春来，进入三月时分，阮元的公务却一点不少。这一日，兵部拟定的部分将官改任奏疏被送到了南书房中，因涉及俱是提督、总兵之属，阮元一时也不敢决策。便将英和、潘世恩一并找来，共同拟定改任之事。
英和看着拟定的改任人选，问道：“阮侍郎，皇上自清除和珅一党一来，所新任提镇，俱是资历深厚，多有功绩之人。这份名单后面，也已经将各人近年的考课劳绩，一一齐备。却不知阮侍郎又有何建议，难道兵部如此谨慎的调任名单，竟也有不妥之处吗？”
阮元笑道：“其实并非如此，兵部这次调任官员，大多都是近年来为官勤勉，足以提镇一方之人。这个在下是不反对的。只是这其中有个人选，在下觉得还是再行商议为好。”说着打开了名单，将手