本土天文学者都已经调入了编写工作组，成为了格理院翰林学士，天文学水平也在这个过程中提高了一大截，只是王锡阐还是一个儿童，没有成长起来。揭暄也是朝廷的暗中牵线之下已经成了方以智的学生，同时在国子监军校学习军事，按照历史上他涉猎的专业已经全面培养。
当然这些发展和沈飞本人关系不大，沈飞还是希望综合更多的医药学高手改进完善自己手里的几张药方，在傅山妻子陷入重病，其他医生久治无效时，沈飞去了一趟出手治愈了他的妻子，之后亮明了身份要求他“转专业”学医，其他的李中梓、汪昂、张璐也提前找了来先学习一段，等他们医术大成就可以交代他们任务了。
在这三年之中又有一部官方主持著作开始了编写，抽调了全国各地官方和民间大量学者进行，就是中国思想史。原先《宋元学案》黄宗羲只是确定大纲和少量手稿，《明儒学案》只是黄宗羲的个人著作，对于这么重要的思想史著作实在太不像话了。
而且黄宗羲明显是以心学为主体，前期主要人物陈献章就是心学的代表人物，中期的王阳明更是心学的门面人物，也最详细。除了列入王阳明本人的《姚江学案》还有江中王门、江右王门、南中王门、楚中王门、北方王门、粤闽王门，倾向性也太明显了。