行海禁雷历风行，手段严酷，一直广受非议。其实就相当于制裁禁运和武装走私的冲突。直到朱纨一次抓获96个海盗全都杀掉以后，先是被弹劾滥杀停职审查，后来更被人落井下石，查出那96个人不全是海盗，其中有两个人是南洋小国来进贡的贡使，也被他错杀了，闹出了外交事件，要把他抓到北京审问治罪，在家里停职的朱纨听到这个消息，还没等抓他的人到来就自杀了。从此没人再敢提实行海禁了。其实贡使能获得很多赏赐，他们带来的商品也会被十几二十倍地溢价收购，是超级肥差，因此很多贡使都是南洋小国商人假冒的，花些小钱找个小国买个身份很简单，真假难辨，有人想整死朱纨，就泡制出了贡使被杀事件。
沈飞知道以后戚光会得到张居正的强烈支持，或许有可能经过戚继光中介对张居正产生一些影响。说：“出海贸易，其利巨大。不仅关系浙闽两省豪商士绅的财路，还是很多普通百姓的生计来源，禁是禁不绝的。历行海禁只能作为剿倭时避免奸细通敌资敌的一种作战手段，洪武年间的海禁本来就因此而起。却不能作为长期国策，长期历行海禁就等于和所有沿海各省官民作对，朱大人自尽前也感叹即使朝廷不杀他，浙闽两省官民也一定会杀他。永乐年间五伐蒙古、南征交趾、万里迁都，疏通大运河、建北京皇宫、每一件事都耗费巨大，在崇山峻岭的武当山上建造大型道观的艰难和消耗还在营建北京皇宫之上，就是凭郑和永乐年间六下西洋所获巨利维持这些开销”。