雷姆利亚文明毁灭后的约28万年里，地球再次处于漫长的平静时期。
距今20万年，昴宿星人启动了地球上的第三次文明实验，和上一次实验一样，处于第四纪冰期的地球大部分地区并不适合文明的发展，他们将位于大西洋底的一片大陆，人为抬升到了海平面之上，命名为亚特兰蒂斯。这一次他们直接将一部分曾经的雷姆利亚人与已经出现的智人结合，将其延生的后代，放置到了亚特兰蒂斯大陆上，繁衍生息。在建立创世神信仰的时候，保留了他们是来自雷姆利亚大陆的传说，并放开了对他们追求科技发展的思想管束。于是一个崭新的文明在地球上快速的生长起来。
亚特兰蒂斯人的发展速度非常快，只用不到3万年的时间就走出了蒙昧期，因为没有宗教纷争，在创世神的信仰下，他们的目光始终集中在艺术，神学和科学上。亚特兰蒂斯人进入现代文明后，就开始寻找雷姆利亚大陆，寻找祖先的痕迹，更希望找到创世神的线索。终于在距今15万年前，找到了雷姆利亚大陆的遗迹，并获得了雷姆利亚人留下的部分科技，而这其中就有昴宿星人留下的能量压缩和基因改造技术，在这个基础上，亚特兰蒂斯人的科技发展速度突飞猛进，又经过了1万多年的发展，亚特兰蒂斯人掌握了空间技术，他们在能量压缩技术的基础上领悟出了，四大基本场中，引力场、电场、磁场间的初步统一的方式，从而实现通过引力场扭曲空间，实现空间穿越。空间技术的突破，使得亚特兰蒂斯人的足迹可以走出太阳系，从而发现了更多自身和宇宙中的秘密。
距今约132万年，同为发源于地球的文明，蜥蜴人看到了亚特兰蒂斯人的潜能，第一次主动和亚特兰蒂斯人建立了沟通渠道，从蜥蜴人那里，亚特兰蒂斯人了解到了远古地球的历史，知道了自己文明的由来，同时也知道了创世神昴宿星人曾经的所作所为。这些久远的故事震惊了亚特兰蒂斯的每一个人，他们恐惧和唾弃昴宿星人，他们也愤怒昴宿星人毁灭文明的做法，这和他们从创世神那里世代流传的故事和教导大相径庭，一时整个亚特兰蒂斯的信仰崩塌了，这次大衰退持续了600多年。此时亚特兰蒂斯人意识到，急需解决两件事情，信仰的重建和倒计时的威胁。
亚特兰蒂斯人在创世神的基础上重新建立起，以崇拜太阳为信仰的宗教，希望用光明来驱散黑暗。为了时刻提醒人们，昴宿星人随时可能回来毁灭他们的文明，他们建立很多纪念碑，碑文的内容就是雷姆利亚人被毁灭的历史。甚至将自己的语言习惯都改变了，把时间作为特定的表述单独分立出来，从两种文字的复合语言，变成了三种文字的复合语言，并且将时间放到每句话的最前面优先表述。亚特兰蒂斯人为了给族群多一点存活的机会，他们开始用有限的技术建造大型的宇宙飞船。在这种紧张的氛围中，社会的潜能被一次次的激发出来，科技发展的速度也进一步加快。在这期间他们甚至触摸到了高等文明才会研究的灵魂分离技术，纯能量形式的生命形态。亚特兰蒂斯人已经可以熟练的将信息和能量相互转换，他们认为所谓灵魂就是按基因结构或者某种特定信息结构排列的某种场力，或某些场力按特定方式实现统一后呈现的一种稳定形态。而灵魂是场力，所以不论是有型的还是能量体的生命都存在灵魂，能量体的生命形式并不是场力，是编码后的能量团，就像碳基生命是被基因编码后的碳堆叠。
亚特兰蒂斯文明惊人的发展速度还是引来了嫉妒，在他们毁灭前2000多年的历史记载中开始出现这样的描述，“蜥蜴人和我们接触的目的并不单纯，最初他们表示同为地球文明，希望我们可以在未来帮助他们，拯救自己的种族脱离娜迦族的控制，并希望让他们回到地球继续在祖先留下的地下城居住，而他们将帮助我们一起对抗昴宿星人。当我们向他们了解更多昴宿星人和娜迦族信息的时候