小智隔着飞机的玻璃，看着外面越来越远的合众地区的大地，以及在那远处天边除了小智以外，常人无法看到的一黑一白的两道身影。
……
乘坐着飞机小智等人回到了关都地区枯叶市的樱木研究所中。
艾莉丝在小智那里已经得知了对战之塔以及三系统，和如何获得三系统的事情。
本来小智是打算找太一给艾莉丝准备一套的三系统，但是被艾莉丝给拒绝了。
因为艾莉丝觉得有对战之塔的存在，她想获得三系统，可以说是轻轻松松，所以就不打算麻烦小智了，她打算凭借着自己的硬实力获得系统。
而且在对战之塔里对战获得积分，她也可以凭借着对战之塔来提升一下自己精灵的实力，两全其美，何乐而不为呢。
对于艾莉丝的决定，小智表示赞同，同时安排她住在樱木研究所当中。
……
就在小智和艾莉丝对战完回到关都的第三天早上，小智本来打算和艾莉丝一起前往对战之塔，进行对战训练。
毕竟如果在樱木研究所后院训练的话，就两个冠军级别的对战，足够把整个后院给掀翻了。
再加上只要在对战之塔当中对战，就可以获得积分，所以小智和艾莉丝就打算把对战场地放到对战之塔当中。
只不过就在小智准备出门的时候，突然出现了一点突发事情。
“……梦幻计划？？”
研究所内，小智有些疑惑的看着樱木博士身后的屏幕。
小智本来打算带着艾莉丝他们出门的时候，樱木博士忽然找到了小智，并跟他介绍了一下梦幻计划这个名字。
“没错，这个计划最后的目的就是找到并收服传说中的神奇宝贝，梦幻！”
“发起者是穗高博士，为了这个计划，他最近正在召集大量的精英训练家。”
“虽然说天王冠军们都有着对应的实力，但是他们实在是太忙了……”