木叶高层刚改组的一个月里，因为各种不习惯也闹出了不少岔子。
比如说因为职责不清，防务部最高长官被政务部最高长官追着痛扁，比如说富岳上班时下意识的前往警备部，却一脸懵逼的发现艾斯正坐在那个位置上。
但随着时间推移，众人逐渐熟悉自己的职责后，一切也都开始变得有条不紊。
如果非要说有谁不开心的话，那就是前火影顾问、前根部长官志村团藏。
本以为自来也这个家伙什么都不懂，该轮到他争权夺利时，却发现自来也这个家伙竟然意外的精明。
他不理解的事情，没有把握去做的事情，要么直接拿去问他的弟子，要不就直接叫上他们三位副部长一起讨论，哪有他糊弄的机会。
况且，但凡是他提出来的建议，只要富岳觉得不对劲，他就会跟日足两人联手反对，这就导致他很多政令压根就下发不出去，除了得罪人的那些。
这下子，团藏整个人都懵了，你们这是在玩我吗？
搞了一辈子阴谋诡计，居然在这件事翻了车，志村团藏大呼后悔。
可现在即便是后悔，他也似乎来不及了。
没有了根部这个直属机构后，他就没有了可以直接指挥的下属，对于外界的情报也基本都是两眼一抹黑，什么都不知道。
这算什么嘛？我同意将根部分离，取缔火影顾问，付出这么大代价换来的防务部副部长，结果什么都做不了？你怕不是在逗我开心。
可这还不是最让他感觉到绝望的。
最绝望的是，他本以为因为舌祸根绝之术，实际上还在他掌控之下的根部，也因为漩涡玖辛奈的掺和，导致这封印术直接被破解，一下子就将所有的根部从他的掌控中解放出来。
也正因如此，他过去参与的那些罪行，所犯下的错误，以及与大蛇丸合作等事情全都被揭露出来。
这一刻，团藏直接化身众矢之的，被波风水门剥夺副部长的职位，直接压入大牢。
可随着拷问部介入，越来越多的黑暗被揭露，直接让波风水门这个阳光大男孩都起了杀心。
在征求了猿飞日斩的同意后，波风水门直接秘密处决团藏，动手之人便是止水以及原根部成员。
随着这个最大毒瘤被解决，奈良家族的奈良鹿久接替志村团藏的位置，成为新任防务部副部长，与富岳日足一起辅佐自来也。
至此，木叶的发展终于踏上正轨，一切都开始欣欣向荣。
没有了内部的政治倾轧，短短几年时间，木叶便再度涌现了众多天才。
除了宇智波三杰以及冷血卡卡西外，其他人也都开始逐渐绽放属于自己的光芒。
比如说体术上成就最大的迈特凯，连日向日足都直言，单论体术他不是凯的对手。
比如说根部成员大和，原代号甲，是除了初代火影之外，第二个可以掌控木遁之人。
除此之外，还有很多其他人，也都在释放着属于自己的光芒。
随着暗部成员的逐渐扩充，卡卡西也从暗部调离，开始带队新毕业的忍校下忍，可因为他的毕业率太低，导致他的名声并不是很好。
可对此，卡卡西似乎并不在乎，因为三战时的经历让他明白，如果忍者都不懂得珍惜同伴，那派上战场或是执行任务，也不过是徒增伤亡而已。
同样的，在志村团藏死去后，根部也得到了彻底的解放，成为了名副其实的暗部培训班，为波风水门直属的暗部输送了不少新鲜血液。
而止水，也因为见证过根本那些黑暗，觉醒了属于他的万花筒写轮眼，至于能力是什么，没有人知道。
在卡卡西之后，宇智波鼬接任了暗部队长的职责，为村子发光发热，但名声却并没有止水与艾斯闪耀。
不管怎么说，暗部毕竟都是一个秘密机构，鼬又怎么可能整天在外抛头露面呢？