长不打算遵从华胥国全面收缩的战略，带着男主、颜晓月与一众船员驾驶着家园号再次离开了华胥国。
而在离开华胥国后，船长对男主透露了他之所以一意孤行离开华胥国其实也是为了他的安危。
男主作为圣人口中的救世主，相当于矩阵中的特殊程序，在矩阵中所向无敌，但在现实中仍旧是肉体凡胎。
船长也认为华胥国可能有危险，所以身为救世主的男主更不能留在华胥国，否则看似最安全的华胥国一旦被发现，被围困，人类将再没有一线生机。
而男主是船长眼中新人类的希望，只要男主不被抓住，那么凭借着救世主在矩阵中的力量，就能解救出源源不断的新人类，就算华胥国被灭，也能重建华胥国。
原来船长虽然表面上看起来是最不怕机器人的激进派，对华胥国全面收缩的保守决策不屑一顾，但实际上却是最消极的失败主义者。
他根本不相信如果机器人发动攻击，华胥国能够守住。
随后家园号在地底隧道行踪不定，在男主的配合下解救着从矩阵中觉醒的人类。
直到一天，男主在矩阵中再次遇到了原本他以为已经被他“格式化”的上一代黑衣人。
黑衣人这次似乎变得更加强大了，两人初步过了两招竟然看似势均力敌。
随后黑衣人向男主透露了机器人已经决定对华胥国动手，要将在现实中幸存的人类一举铲灭，而后离去。
男主的惊愕中回到现实飞船上将这一消息告诉了众人。
在船长的建议下，决定再次找到圣人，看看圣人有没有转圜挽救的办法。
而后男主通过了一系列迷宫般的房间见到了一个男人。
那个男人自称“大罗”，是圣人的护卫。
在男主救世主的视角下，这个大罗全身流动的竟然是金色的代码，矩阵中的其他人类和正常程序都是绿色代码，金色意味着其是异常程序。
大罗告诉男主，矩阵是一个不断升级进化的系统，系统升级后有很多淘汰下来的程序需要删除，而这些程序中不乏有产生了自己的智慧与情感的存在，他们不想死，于是就四处躲避着追杀。
大罗便是托庇于圣人的保护下的一个异常程序。
想要见圣人，先过他这一关。
而后整部电影第一场激烈的动作戏开始，在一座岛屿上，男主这个救世主与“大罗”进行了切磋式的打斗。
原来除了诡异复活的上一代黑衣人外，矩阵中竟然还有这样一个存在能跟男主这个救世主匹敌。
不过很明显大罗力量确实相比男主差一些，在切磋中落败后，在岛屿的沙滩上，一个慈祥的中年妇女从一扇突兀的门后走了出来。
正是圣人。
圣人千变万化，上一次见还是小女孩的模样，这一次就变成了中年妇人。
面对男主对华胥国安危的疑问，圣人并未正面回答，而是告诉男主，只有矩阵中的程序与人类团结一致才会有真正的美好的未来。
随后又说，男主想要的答桉和解决办法在代码之源中便能找到。
异常程序返回源代码便会被回收，意味着死亡，而男主进入矩阵的源代码就有机会终结华胥国的危机。
但想去源代码，必须要先找到一个异常程序——开锁人，开锁人能为他打开通往源代码的房间，穿过挡在源代码之前的防火墙。
而开锁人被一个非常厉害的程序“看守者”关押着，看守者的职责便是抓捕异常程序，然后在下一次矩阵升级时将这些异常程序丢入源代码从而在根源上删除他们。
就在男主想进一步追问的时候，圣人面色微变，随后男主与守在圣人身边的大罗齐齐转头看向大海。
在大海深处，缓缓升起了一个人影。
正是已经复活的上一代黑衣人。
黑衣人的目标是圣人。