因为按照设定，“无关名单”的号码可能是施害者，也可能是受害者，也有一个人既是加害者同时又是受害者的情况，而这都需要去调查才能确定，才能补完目标人物的人际关系、当前困境与潜在危险的来源。
所以剧情是相当有悬疑感的，是观众和主角们一起在接近真相，发现真相的过程，有极强的代入感。
当然，在过了几个案子后，段毅弘也发现交给他任务的潘越名并不简单，很多案子其实根本不是有长期预谋的犯罪，甚至都是市井小人物，涉及到各行各业，犯罪动机也是五花八门，这根本不是什么线人或者卧底能提前探知的。
所以段毅弘也开始试探并暗自调查潘越名，以及潘越名给的名单到底是从哪来的。
与此同时，段毅弘这个前刑警在很多案子中无所不在的痕迹，以及似乎能预知犯罪的奇怪之处也引起了警方的注意。
吴越扮演的刑警队长也跟段毅弘开始了合作、较量与试探。
所以这是一个潘越名、段毅弘与吴越三人合作、纠缠、较量、发现真相并最终志同道合的战友的故事。
当然《疑犯追踪》既然是部神剧，不会只是查案而已，第一季末尾就会有神转折。
在末尾三集，潘越名和段毅弘会发现他们调查的几个“无关名单”互相之间竟然有着神秘的联系，原来这是KB组织的“钓鱼”行动，他们察觉到了魔都发生的一些预先制止犯罪的痕迹，因此判断出有人在使用那个阻止他们发动KB袭击的机器用在制止普通犯罪方面。
因此KB组织想要通过钓鱼，引出被官方严格保密和保护的潘越名，从而获知机器的位置与弱点。
第一季的最后一集就是KB组织终于得知了机器的设计者，并且绑架了潘越名，而段毅弘则在无可奈何之下将希望放在了机器身上。
如果说第一季的故事是在能利用大数据预测犯罪的神秘机器设定下，通过“预知犯罪”到“制止犯罪”的故事的话，到了第二季就变成了人机大战或者机机大战。
KB组织也设计出了一个人工智能，名叫“幽灵”，他们想要通过“钓鱼”获知机器的准确位置和弱点，就是为了能让“幽灵”找到机器，并取而代之。
因为在官方的配合下，机器已经全面连接了人类社会的所有信息系统，这才能做到预测犯罪。
而如果“幽灵”能消灭机器，并且能悄无声息间取而代之，那就相当于被KB组织李代桃僵，通过“幽灵”统治世界，机器被潘越名和官方设定了种种限制，但是“幽灵”将是一个完全没有限制和顾忌的真正的“天网”！
当然机器也不是没有反抗之力的“傻白甜”人工智障，当“幽灵”找到机器的藏身之地时，机器已经带着自己的服务器失踪了。
第二季、第三季以及之后的内容就是一个对人类带有善意的人工智能与另一个KB组织设计出的对人类含有恶意的人工智能间的对抗，而主角团也跟机器一起对付“幽灵”与KB组织的阴谋。