成都府等州县纷纷光复，匪首李顺就擒，与7名骨干成员一同押往凤翔，被凌迟处死，但是这场民变并未就此结束。王继恩虽进驻成都，但城外十里就是“匪控区”，贼军推戴张余为新首领。
张余收拢残兵败将，很快就拉拢起一支万余人的部队，沿长江东下，连克嘉、戎、泸、开等八州，人数也发展到十余万，大有死灰复燃之势。其中开州监军秦传序毁家纾难，散尽家财犒赏三军，与贼军死战，终因寡不敌众，城池沦陷，在最后关头，秦传序投火自尽，以身殉国。
秦传序的儿子秦奭逆流而上，想要为父收尸，不料船只在中途倾覆，溺水而亡。百姓为之扼腕叹息，谓之“父死于忠、子亡于孝”。收到奏章后，赵光义叹息良久，随即录其次子秦煦为殿直，赐十万抚恤金。
正当大宋忙于平定川蜀内乱时，高丽派来使者，说辽国正在攻打他们，请求天朝发兵相助。
赵光义呼吁双方保持冷静克制，避免冲突升级……
“自是，高丽朝贡遂绝。”
实际上，早在本年（994）3月，高丽就已经臣服于辽国，使用了辽国年号，奉辽正朔，而在6月又来大宋乞兵，如果不是客观上路途遥远所造成的时间差，那就应该是高丽对大宋的一次试探，一方面是试探一下宋辽两国的实力，另一方面也是堵住大宋“夹攻辽国”的嘴。我个人倾向于后者，十万火急的军情不会在路上缠绵三四个月的。
9月，赵光义遣使访辽，谋求和解，被辽国断然拒绝。随后，赵光义又派人渡海潜入辽东半岛，勾结女真、乌实等部，让他们反叛辽国，也遭拒绝。
唯一值得大宋感到欣慰的是西线战场，夏州李继迁迫于军事压力而再次向宋称臣，但这只是李继迁的权宜之计，大宋朝廷仍无法对夏州地区进行有效控制。
为了破坏大宋对夏州地区的控制，辽国派韩德威挂帅，率领数万铁骑自代北地区（今山西北部）南侵。韩德威采取的战术避实击虚，避开大宋的要塞堡垒，而选择抄小路迂回绕后，不料被宋军侦察兵提前探知，府州折御卿提前设伏，在子河汊大败辽军，击毙辽将二十多名，生擒吐谷浑首领一人，毙敌五千多人，缴获战马一千余匹，辎重无计其数，韩德威化装成小兵狼狈逃离战场。史称“子河汊之役”。
收到捷报后，赵光义倍感欣慰，对左右说道：“我早就说过，沿边将领不要与辽军正面硬刚，要诱敌深入，再分割突袭，断其归路，辽军必然大败。你看看，跟我说的一样吧。”
“皇上圣明！”
再说蜀地民乱。
在大宋王师的水陆夹攻之下，张余攻取夔州失利，精锐主力损失殆尽，王师紧咬不放，终于在995年2月在嘉州将张余击毙，人头送往西川行营，残余贼军也相继被招抚。声势浩大的“王小波、李顺起义”终于得到了彻底平定。
这次起义波及全川，巅峰时期规模达数十万，包括成都府在内的十几个州被贼军占领，自王小波举事至张余被杀，前后长达两年时间。
“王小波、李顺起义”对大宋的影响非常深远，王师主力被牵制在帝国西南，从而无力向北经营，使得大宋在对辽关系中处于被动，比如婉拒高丽的“夹攻”邀请从而彻底失去了高丽这个藩属，也彻底丧失了在辽东地区的话语权，使得辽国成为地区秩序的构建者和维护者，使得大宋再无“夹攻辽国”的可能。
在平定了川蜀之后，反复无常的夏州李继迁又在西北搞事情，劫掠大宋辎重队，比如996年3月的一次，李继迁成功抢劫了大宋运往灵州的辎重队，缴获40万石军粮。随后又对灵州进行了围攻。
在被宋军击败后，李继迁又上表请罪，表示愿意归附大宋。而在得到大宋接纳后，