带他回美国的小学读书。
少年侦探团的几个都很是不舍，但这也是没办法的事情。只好跟他告别。
知道内情的齐木悠也在听到这个消息的时候，顿时就明白过来，看来灰原是研究出完全的解药了。柯南也将恢复他工藤新一的身份。
不过按理说灰原也应该会找个理由转学离开，然后以宫野志保的身份或者一个新的身份回来。
但直到柯南离开，灰原都没有任何的动静。
齐木悠也在问过齐木楠雄后，才知道灰原根本没有恢复的打算，柯南已经离开了，灰原再离开，少年侦探团的这几个孩子一定会很伤心，而且她也不舍得博士。这将近一年的时间，她已经将阿笠博士当做了自己的亲人。
所以决定不使用解药，而是就维持这样的状态自然成长下去。她出生后就是在组织长大的，童年也活在组织的监视之下，也正好借着这个机会，重新体会一遍正常人的童年和少年期。
她的身份那边有公安帮忙彻底落实了下来，变成了阿笠博士的孙女。
而APTX4869的资料，在做出给柯南的解药后，就直接被销毁了。这也算是赤井秀一和安室透达成的共识，这些东西不应该继续留存于世，也更不能成为上面的工具。
柯南离开后没几天，工藤新一终于结束了自己的‘案件’，回到了工藤宅。
值得一提的，他回来的当天就被毛利兰拎着领子揍了一顿，然后鼻青脸肿的大侦探被自家青梅竹马抱住一顿大哭。他只好忍着疼开始哄人。
虽然看起来很惨的样子，但齐木悠也觉得他还挺乐在其中的。毕竟哄女朋友什么的。
柯南这个身份虽然消失了，但不代表跟他有联系的全部被抹去。尤其是少年侦探团的几个。
所以在这之后，都是工藤新一用柯南的身份跟少年侦探团的几个人联系，每逢年过节送礼物的时候，就拜托在美国的工藤有希子和工藤优作寄礼物回来。
工藤新一也有在控制联系的频率，这几年正在逐渐减少中，打算让柯南这个身份渐渐淡出几个小孩儿的生活。
元太和光彦还好，或许当初就觉得柯南太抢风头，再加上又是男孩子，一点没察觉到这件事情。平时他们两个也不太提起柯南，毕竟这已经七八年过去了，一个只通过简讯联系又不见面的幼时友人，感情也渐渐淡了。
灰原和齐木悠也作为知情人，都知道柯南就是工藤新一，对方就住在博士家隔壁，经常能见到，所以也不太提起他。
只有步美。
这个在小学一年级就喜欢上柯南的小姑娘，这么多年似乎依旧保留着自己单纯的喜欢。对柯南渐渐减少的联系最为敏感，每次大家聚在一起的时候，主动提起柯南的，十次有九次都是她。
对于这种事情，灰原和齐木悠也也没什么办法，只能希望小姑娘早点想开，别再把目光放在已经不存在的柯南身上了。
这也成了元太和光彦不爽柯南的理由之一。
毕竟步美小时候就很可爱，随着年龄的增长如今十五岁，出落的越发美丽的步美身后更是不缺喜欢她的人。本来情敌就够多了，还有一个早就离开的家伙，而偏偏这个家伙还是步美从小就喜欢的。也难怪两个小男生心里不舒服。
所以每次步美提起柯南的时候，两人抱怨几句也成为常态了。
这种时候灰原和齐木悠也都默不作声在旁边看戏，等他们吵够了就转移话题。
这次也是，等三人吵了几句，齐木悠也就熟练的转移了话题。
接下来就毕业考和高中的问题又聊了几句，他们几个的成绩，灰原就不用说了，他和步美也属于名列