于是更加让明燕武亲王二子非常卖命的带兵冲锋，最终才将朝廷明军击退。
而明平燕将军则率部退守到镇江府首府丹徒县（镇江卫）高资港，之后明惠宗立即派明右军都督府署都督佥事：陈瑄，率领水师进行增援。
结果没想到的是在6月初2日，明右军都督府署都督佥事就在浦子口巡检使司向燕军投降，也许是因为自己曾在明魏国公兼中山武宁王：徐达，手下当差的原因。
因此大喜过望的明燕武亲王，当天就祭祀大江之神，次日即率军渡江。
6月初3日，当日微风飘扬，长江不波，明平燕将军所部看到原本舳舻相衔，旌旗蔽空，戈矛耀日，金鼓震动的陈都督所部水师明军，却突然亮出了燕王的旗号，众人都无不惊愕不敢动。
但很快明平燕将军就命令军队仓促列阵，却被燕武亲王：朱棣，本人亲率的精锐骑兵冲击之下迅速溃散，南岸明军几乎全军覆没，使得明平燕将军再次单骑逃脱。
而镇江府首府丹徒县（镇江卫）守军们，在看到长江之上水师舰船尽数投降燕军之后，心胆俱裂，说了一句“海舟皆已降，吾何能力也？”
6月初6日，明镇江卫指挥使：童俊，也只得开城投降，因此镇江府首府丹徒县（镇江卫）也失守了。
6月初8日，燕军驻军龙潭巡检使司，而应天府南京皇城已近在眼前。
6月11日，燕军前锋成功直逼应天府南京皇城而来，明谷宣亲王：朱橞，与明曹国公：李景隆，得知消息后被迫打开金川门投降，至此皇城彻底沦陷。
而此刻燕武亲王本打算直奔皇城奉天殿去的，但却被群臣们给拦住了，表示直接进去会遇到明惠宗建文帝：朱允炆，不如先去太庙祭祖。
于是6月13日，燕军才从金川门进入南京，而明惠宗则在皇宫奉天殿内自焚殉国？
待明燕武亲王：朱棣，进入皇宫之后，看见宫中燃起熊熊大火，宫女与宦官们四处奔跑，放眼望去整个皇宫无一人敢抵抗，而明惠宗则下落不明？