叛军首领罗甸大王兼四裔大长老：安邦彦、永宁叛军首领大梁王：奢崇明，损失惨重身负重伤落荒而逃，叛军主力基本被明军消灭。
事后明毅宗崇祯帝：朱由检，闻讯大喜，在奏报中还表示叛军乌撒军民府知府：安效良，勾结永宁叛军、水西叛军诸部36营合力围攻霑益州，被明云南左卫副总兵：袁善、明安南宣抚使：沙源，等将领所击杀。
故此［霑益州知州］一职空缺，其妻：安氏，只能招来原明霑益州知州：安远，之弟：安边，担任「霑益州知州」。
不过新任的明霑益州知州：安边，却顽抗不服从朝廷命令，因此被明贵州总镇巡抚下令驱逐，以其妻安氏代替，遂收复乌撒军民府。
8月10日，水西叛军首领罗甸大王兼四裔大长老：安邦彦、与永宁叛军首领大梁王：奢崇明，败退到水西宣慰使司后重伤而死，其侄子明贵州宣慰使：安位，在叛军残部拥立下继续顽强抵抗。
但基本上也闹不出什么大动乱了，毕竟兵力有限仅两万人，明军方面的将领也不愿意再大动干戈，便遣使招降明贵州宣慰使。
可刚刚叛乱的明贵州宣慰使却犹豫不决，明贵州总镇巡抚则当机立断，遂采取四面迭攻方式，渐次荡涤的作战方针，屯兵险要，四面包围，逐步压缩，绝其资储的方法加以逼迫。
最终经过一百多次的围剿，斩杀叛军万余人。
迫使走投无路的明贵州宣慰使终于遣使乞降明军，因此〈永宁水西平叛战争〉到此结束，贵州承宣布政使司以及四川承宣布政使司、云南承宣布政使司三地境内，又恢复了往日的安宁。
于是明贵州总镇巡抚连忙奏疏，请求将新收土地册封给有功将士，得到朝廷允准，但依旧让明贵州宣慰使：安位，担任职务，只不过分割部分领土化入军屯。
在叛乱平定后，四川都指挥使司的诸将们均被认为是功劳最多的，但在处置川贵之争时，明贵州总镇巡抚：朱燮元，却偏袒贵州都指挥使司诸将们，甚至把四川都指挥使司诸将们的功劳，都比作是云南都指挥使司将领们的功劳！
因此才受到了明四川总镇巡按：马如蛟，的弹劾。
这气得明贵州总镇巡抚极力请辞，但依旧被明毅宗极力挽留。
随后明贵州总镇巡抚：朱燮元，继续派兵讨伐贵阳军民府定番州、安庄卫镇宁州，等地的苗人叛乱，还顺势修通了威清卫等上六卫及平越军民卫、清平卫、偏桥卫、镇远府（镇远卫），等四卫共一千六百余里的道路，又沿途修缮堡寨，设置游徼。
同时还将原明贵州宣慰使司同知：宋嗣殷，的领地［洪边十二马头］改土归流，设立〈开州〉并奏请恢复原施秉县，招徕流民，以充实户口。
9月初1日，东北后金汗国境内也展开了人才大培训，主要是想提拔一批优秀的抗明文臣武将出来，毕竟经过之前被明军偷袭打得（萨尔浒大捷），使得后金汗国境内投降汉官们人人被猜忌。
也让后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，认为不得不改变一下国民思想，举行考试选取儒生，凡是之前辽东都指挥使司被俘为奴的大明生员，都尽皆被选拔而出。
分批一一进行考试，以辨优劣，一等者赏缎二，二等、三等者赏布二，俱免二丁差徭。
一时间成为了后金汗国境内大明汉人奴役们翻身的，大批辽东汉人不在抵抗，纷纷投入到后金科举制当中。
10月初2日，后金天聪汗在稳定好后方起义势力后，打算孤出一掷立即集中80的兵力，外加漠南蒙古军队总计10万兵马，借道漠南蒙古绕过大明帝国宁广防线开始南下，仅留少数兵力驻守国都盛京城，以及防御东江镇、皮岛部残余明军偷袭。
其余后金蒙