不过叶阁老经过深思熟虑后，他考虑到魏公公恐怕一时之间无法轻易除掉，只有阁臣从中斡旋，还有希望不至于酿成大祸。
于是就上疏陛下，称颂魏公公的勤劳，朝廷太宠爱他，盛名之下难免招致非议，应该解除他的权力，让他回老家修养，以保全他的始终。
尽管这样全身而退的奏折，是明哲保身之举但是魏公公看后，还是很不高兴的，他则借此机会假传圣旨为自己表功，累计一百多字，但等圣旨出来之后，叶阁老却吃惊地说道“这恐不是魏公公能够写出来的事！一定是有人代替他起草的。”
结果侦察后得知，此人乃是明刑部员外郎：徐大化。
不过魏公公虽然气愤，但因为外廷势力还很强大，他并不敢直接加害于叶阁老，可阉党徒中却有人劝导他要制造大案，从此魏公公这才下定决心要好好整治一下东林党人。
6月16日，明工部屯田清吏司郎中：万燝，正在督造陵墓事务，就得知明都察院左副都御史：杨涟，及诸廷臣们，前不久交章弹劾明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，的奏折，被明熹宗：朱由校，给压下来了。
不过也惹得明工部屯田清吏司郎中有些生气，他也跟着上奏弹劾阉党魏公公，称其“自营坟墓仿佛陵寝，坚阻以内官监废铜铸钱之议，内廷外朝只知有忠贤，不知有陛下？”
奏折呈上去之后让明司礼监掌印太监兼东厂提督大怒，他正愁被大臣们弹劾无处发泄，眼下正好拿个小官开刀立威，就矫旨让东厂锦衣卫前去廷杖一百，在贬为平民。
这还不算又让北镇抚司锦衣卫队散布消息称去抓万大人，结果部分阉党官员们就去万府看戏，而万燝在府中被当众殴打直至趴倒在地，还被众人用脚踩踏。
事后仅仅过了四天，万燝便重伤身亡。
6月20日，刚刚升任的明都察院四川道监察御史：林汝翥，在谢恩皇帝之后就出城准备上任去了，待经过北城时，就遇到了欺压百姓为非作歹的明司礼监太监：曹进、明司设监太监：傅国兴，当场就让左右手下把这两个阉党处以〈笞刑〉。
事后明司礼监秉笔太监：王体乾，就以林御史乃外官却擅自处罚内监触犯朝规为由，上奏皇帝陛下，要对林御史处以廷杖之刑。
当时明工部屯田清吏司郎中：万燝，才因弹劾阉党被廷杖毙命，因此明都察院四川道监察御史恐冤死于挺杖之下，又不想连累人，便取消了与明内阁首辅：叶向高，的送行。
还偷偷逃出都门，逃到了顺天府衙门向明顺天府巡抚：邓渼，写下《劾魏忠贤疏》，请求明顺天府巡抚转递给陛下。
其奏疏历数了九千岁魏公公的罪状，最后还说了句；朝廷上下，人人都惧怕魏公公的淫威，不知有陛下的威灵，还请陛下定要吸取唐文宗江王开成孝皇帝：李昂，纵容唐神策军中尉兼左骁卫大将军：仇士良，而酿成〈甘露寺之变〉的教训。
同时明司礼监掌印太监兼东厂提督当即就派遣北镇抚司锦衣卫缇骑百余人，速去围住明内阁首辅：叶向高，的私第府宅。
直接以林御史为叶阁老的乡人（或言是叶阁老之甥）为由，向其索要人员，实为阉党故意折辱叶阁老之举。
也算是报了之前的仇，这也让羞愧难当的明内阁首辅认为自己为朝廷所作所为已经仁至义尽了，当即便准备上书辞职！
然而这时的明熹宗面对林御史的奏折，自然是听不进去的，毕竟还要依靠九千岁魏公公来打压东林党，以及充实国库税赋，因此便下旨将林汝翥廷杖后解职为民。
10月初3日，明司礼监掌印太监趁着皇帝陛下做木匠之际，矫旨责备明都察院左副都御史：杨涟，以「大不敬、无人臣礼」为由，直接将杨