而李氏朝鲜陵阳大君：李倧，在听完李氏朝鲜仁穆王太后：金氏，的慈谕后，随即就带着御宝出室即位，是为〈李氏朝鲜仁祖〉。
同时明登莱巡抚：袁可立，经过商议后，当即就命明山东总镇总兵：沈有容，连夜率兵出海接应，负责配合施行诱降计划，并在严格保密的情况下通知明辽东总镇经略：孙承宗，要他以局为重从旁策应。
次日，就以李氏朝鲜仁穆王太后的名义颁布教书（原文由李氏朝鲜广州府留守：张维，执笔），宣布要废黜李氏朝鲜郡王光海大君：李珲，并立李氏朝鲜绫阳大君：李倧，继承大统。
这道教书可以看做是政变的宣言，也算是作为声讨李氏朝鲜废王光海大君的檄文，通过该教书正式树立起政变的名分，使之新王即位更加合法化。
反正成功后，又展开了对李氏朝鲜废王光海大君及其亲信的肃清行动，其中李氏朝鲜废王光海大君及其王妃等人被流放到江华岛，毕竟是宗主国大明神宗万历天皇帝陛下御赐的郡王，因此没有朝廷批准不得随意斩杀。
并将李氏朝鲜废王世子：李祬，流放到乔桐岛。
还当即诛杀李氏朝鲜平安东西道监司：朴烨、李氏朝鲜义州府府尹：郑遵，并下令抓捕其余官员。
3月14日，既斩李氏朝鲜废王光海大君的宠臣李氏朝鲜兵曹判书：韩缵男、李氏朝鲜义禁府判事：白大珩、李氏朝鲜司宪府掌令：郑梦弼，而李氏朝鲜领议政兼京畿左右道都体察使：朴承宗、李氏朝鲜京畿右道监司：朴自兴，则逃到京畿右道广州府附近自杀。
3月17日，李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，下令处死李氏朝鲜废王光海大君宠幸的和尚：性智。
3月19日，李氏朝鲜广昌府院君：李尔瞻，及其长子：李元烨、次子：李弘烨、三子：李益烨，与同党李氏朝鲜郭宁府同知事：郑造、李氏朝鲜仪宾府佥尉：尹訒、李氏朝鲜弘文馆提学：李伟卿、李氏朝鲜经筳厅参赞官：赵龟寿、李氏朝鲜承文院监事：朴应犀、李氏朝鲜捕盗厅左大将：韩希吉，等先正刑。
李氏朝鲜承政院同副承旨：李覮、李氏朝鲜成均馆大司成：韩定国、李氏朝鲜吏曹正郎：洪尧俭、李氏朝鲜奎章阁提学：徐国桢、李氏朝鲜开城府留守：蔡谦吉、李氏朝鲜通礼院左通礼：郑洁、李氏朝鲜奉常寺大夫：黄德符、李氏朝鲜军器寺寺正：李挺元、李氏朝鲜修城禁火司都监：李尚恒、李氏朝鲜平市署主簿：郑荣国、李氏朝鲜东班阶通政大夫：兪世曾、李氏朝鲜兵曹参知：尹三聘、李氏朝鲜四学馆总管：诸嬖幸、李氏朝鲜五军营禁卫营千户：李茳、李氏朝鲜活人署活人：元悰、李氏朝鲜世子侍讲院左宾客：辛光业，等人先处以正刑。
而李氏朝鲜观象监领事：圣智、李氏朝鲜典设司司设：施文用、李氏朝鲜义盈库库使：金驲龙、李氏朝鲜内侍院左都知：有福同，皆因逃匿被执斩之。
4月初3日，又斩大北派精神领袖李氏朝鲜瑞宁府院君：郑仁弘，以及告密者李氏朝鲜汉城府参军：李而攽，跟金介屎继父李氏朝鲜掌隶院判决事：刘梦玉，等14人亦被处死。
4月初6日，还处死外戚李氏朝鲜艺文馆领事：柳希奋、李氏朝鲜尚瑞院直长：柳希发，及李氏朝鲜承文院监事：李日馨、李氏朝鲜春秋馆同知事：郑之准，另有7名被废王宠幸过的宫女被斩首。
此外废王派去诸道搜刮的李氏朝鲜调度使：金忠辅、李氏朝鲜副调度使：金纯，也被捕杀，总计一共有80余人被杀，还有上百人被监禁（围篱安置）或流放远方。
伴随着反正的还有平反昭雪和论功行赏。除了李氏朝鲜承文院副提调：许筠（曾倡废母～李氏朝鲜仁穆王太后之论）等极少数人外，李氏朝鲜临海大君：李珒、李氏