以戴罪立功，明广宁中屯卫左参将：贾祥，是在护送前任辽东总镇经略：熊廷弼、前任辽东总镇巡抚：王化贞，入山海卫关途中负责阻击后金追兵的，有功可重用。
随后明辽东总镇经略就出发前往山海卫关外，巡行边塞，由明宁前兵备道佥事：袁崇焕，向明辽东总镇经略请示道“在宁远卫驻扎五千兵力，以壮十三山驿的声势，然后在派遣将领们带兵去救援十三山驿，而宁远卫距离十三山驿只有两百里地，可以轻易占据广宁中屯卫、广宁左屯卫，如果不行再退守宁远卫，断然不可轻易放弃十万难民啊！”
于是明辽东总镇经略就与明蓟辽总督：王象乾，商议了一下情况。
但明蓟辽总督却认为，驻扎在山海卫的军队乃是从广宁卫扯下来的溃军，眼下刚刚打了败仗，士气正沮丧着，不如调动漠南蒙古察哈尔部护关的军队三千人，前往宁远卫与其地大明卫所驻军们防守。
此举被同意后，一方面调兵前往宁远卫，一方面则前去救济灾民，然而救援却失败，十万难民只救回六千人。
明辽东总镇经略对此就询问明兵部尚书：王在晋，说道“八里铺新城修筑好以后，是不是要将旧城的兵马，移调四万人前来驻守？”
而明兵部尚书则说“应该另外设立一支四万人的军队。”
但明辽东总镇经略却说“这样一来，八里铺就有八万兵马了，那广宁前屯卫一片石西北就不派兵驻守了吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城山海卫了，如此一来山海卫旧城前面埋的地雷，这是用来对付敌人的？还是用来对付自己新兵的？新城如果可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是不能守，四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关投降敌人？”
面对这话明兵部尚书解释道“山海卫关外，有三道关可以进入。”
可明辽东总镇经略就说“如果这样的话，假如敌人兵临城下，我军士兵们还像先前那样逃跑，哪里还用得上重关？”
对此明兵部尚书就说道“准备在山上建三座营寨，用来监督防止士兵们溃逃。”
不过明辽东总镇经略却依旧反驳道“士兵还没有溃败，就修筑营寨等待他们，你这不是在教士兵们逃跑吗？况且逃跑的士兵可以进来，那敌人也就可以尾随他们进来，你现在不为恢复做打算，却在这里闭关自守，把关外防线全部撤离，还天天在朝廷内争斗，京都以东还有安宁之日吗？”
面对孙总镇经略的指责，让明兵部尚书无话可说！
随后明辽东总镇经略：孙承宗，就召集诸将们商议，在关外防守的问题，由明宁前兵备道佥事：袁崇焕，首先主张驻守宁远卫，而明山海卫监军副使：阎鸣泰，则主张驻守觉华岛。
但明兵部尚书：王在晋，却反而主张驻守广宁中前守御千户所。
最后明辽东总镇经略还是采用了明宁前兵备道佥事的建议，上奏撤除王尚书官职，但却被明熹宗给调任王在晋为「南直隶兵部尚书」，并由孙总镇经略亲自出关镇守宁远卫。
还让蓟州镇（蓟州卫）、辽东都指挥使司各地原来的将领们监管各处，并见机行事，不必受到其他人的限制。
又提升明山海卫监军副使：阎鸣泰，为〈辽东总镇巡抚〉，还重用明兵部职方武选清吏司主事：鹿善继、明兵部主事：王则古，为「赞画」，并请求从国库中带走八十万两银子。
除此之外还让明山海卫总兵：江应诏，制定军事编制、明宁前兵备道佥事：袁崇焕，负责建造营房、明抚夷总兵：李秉诚，训练火器装备、明兵部职方清吏司主事：鹿善继、明兵部主事：王则古，一起处理军需物资。
明兵部武选清吏司主事：沈棨、明工部员外郎：杜应芳，负责维修