张差就不在说话了。
此事立刻被明刑部主事上报给明神宗：朱翊钧，故此还明确提出道“张差，年轻力壮，非疯癲之人，他手持木棍，闯入东宫，定是受人指使的阴谋活动，目的是为了加害皇太子殿下，否则一介平民怎可轻易躲过宫中层层侍卫，并且畅通无阻？”
明神宗一听，似乎还有隐情？就命令明刑部员外郎：陆梦龙，再次提审张差，并引诱他，宣称；若画出，入宫的路径，说出所遇到人的名字，不仅可以免除他的罪过，而且还可以偿还他被烧掉的柴草。
张差信以为真，于是说“马三舅名曰：三道，李外父名曰：守才，都住蓟州井儿峪（而前面不知道姓名的老公公，实际上则是修铁瓦殿的庞保？）三舅和外父常到庞公公住的地方送灰，庞公公与另外一位公公（刘成？）两个人在玉皇殿前商量，还有我三舅、外父，他们逼我拿着枣木棍子打进宫中，如果能够打死黄袍之人（皇太子殿下），那么吃的有了、穿的也有了，一同密谋的还有姐夫：孔道。”
随后又画出了入宫的路径。
由明刑部员外郎马上派人调查取证，逮捕了马三道等人，经核实与张差所说基本无误。
但是庞保、刘成二人，他们仅仅只是两名宦官，且地位低下，单凭他们两人是不可能有如此胆量的。
可他俩的身份却均为明郑皇贵妃：郑妙瑾，的内侍→莫非此事是明郑皇贵妃背后指使的？
一时间朝野上下哗然，都纷纷猜测，并怀疑是明郑皇贵妃以及其弟明后军都督府左都督：郑国泰，两人联合想要谋杀明皇太子：朱常洛，以便于扶立自己的儿子明福恭亲王：朱常洵，回朝继任储君皇太子职位。
此消息传开后，明皇太子和明郑皇贵妃先后赶来面见明神宗：朱翊钧。
在看到双方如此对立时，明神宗便指着明郑皇贵妃说道“群情激怒，朕也不便解脱，汝自去求皇太子吧！”
就这样明皇太子看到了父皇生气的面孔，又听出话中有音？就只得将态度缓和着说道“这件事只要张差一人承担，便可结案，请速令刑部办理，不可再株连其他人。”
这让明神宗听后，顿时眉开眼笑，频频点头道“还是太子殿下说得对。”
明神宗见此事果真牵扯到了明郑皇贵妃，而且她还一直哭诉着说是被冤枉的，再加上得到了明皇太子的原谅，便也不想再追查下去。
最后明神宗不得已上朝召见群臣，下令定张差为「风癲奸徒」且不准任何官员再议论此事。
原来在皇城的左面，每逢初四、十四、二十四，这三日俱设市贸易，称之为（内市）而在梃击案发生之后，经过明京城守备御史：刘廷元，等人上疏后，请求禁止内市，以消除隐祸。
同时还要在皇城以内四门，规定内臣出入必须接受检查，四门还要按时开闭，任何人不得借故阻挠。
5月24日，明神宗为此下诏称“门禁本宜严密，今令兵部及巡城科、道官随时严加盘查，厂卫巡捕衙门以及守门官员密切侦察，擒拿奸宄，内市因相沿年久，有助济需，暂不停罢，但任何人都不许持挟棍棒铜铁弓刀剑等物进入，违者必惩。”
5月26日，叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布扬古，决定把妹妹：纳拉·布喜娅玛拉（东哥）许配给漠北蒙古喀尔喀贝哈达尔汉贝勒：暖免，的儿子：蟒古儿大，并捕捉了建州女真八部奸细6人。
5月29日，张差由北镇抚司锦衣卫缇骑偷偷处决，马三道等人则被发配边疆，庞保、刘成，两人也被一同处死，一场梃击案最后就这样不了了之。
同时革去明刑部主事：王之寀，的官职为民，还把要求严惩明后军都督府左都督：郑国泰，的明工科给