最后由明五司总督兼都察院右副都御史：熊文灿，提督边军与明太常寺寺丞：刘元斌，提督京军禁旅，与明河南总镇巡抚：常道立，率领明援剿总兵：左良玉、明开封府左参将：陈永福，一起合兵围剿中原各地流寇。
12月14日，1千5百名后军都督府在京诸卫明军，开始南下协助剿贼，参战的有；神武左卫、神武后卫、忠义左卫、忠义右卫、忠义前卫、忠义后卫、义勇中卫、义勇左卫、义勇右卫、义勇前卫，等卫所军汇集于湖广承宣布政使司襄阳府境内。
吓得流寇们连忙逃奔湖广行都指挥使司郧阳府。
并且由明太常寺寺丞：刘元斌，携带钱粮与圣旨，封明汝南兵备道副使：戴东旻，为都察院右都御史兼郧阳府巡抚，在命明陕西三边总督：洪承畴，联合明陕西总镇巡抚：孙传庭，一并剿杀中原地区流寇。
到了明崇祯十一年公元1638年正月初7日，明援剿总兵：左良玉、明平虏将军：陈洪范，联手大破流寇于湖广行都指挥使司郧阳府郧西县。
2月10日，朝廷立马改任明河南总镇巡按：张任学，为河南都指挥佥事兼河南总镇总兵，负责镇守河南承宣布政使司。
同时明陕西总镇巡抚与明固原卫总镇副总兵：曹变蛟，等将领在西安府潼关卫南原里大战，围剿农民军：闯将（李自成）等部五营流寇。
明军士气高涨，流寇五营全部被打败，战死流寇将领无数，仅剩下流寇：李自成、刘宗敏、高一功，等人带着18个残兵败将逃入西岳华山内躲过一劫。
4月23日，朝廷开始夺明陕西三边总督：洪承畴，的「兵部左侍郎」职位，降为兵部右侍郎，明援剿副总兵：左光先、明固原卫总镇副总兵：曹变蛟，则被夺官职五级，并限期五个月内剿尽流寇。
6月11日，明湖广总镇巡抚：余应桂，也因剿贼不利被逮捕下狱，以明都察院左佥都御史：方孔照，代替。
8月初1日，明兵部右侍郎：洪承畴，上报军功，称；陕西承宣布政使司流寇皆已投降，该斩者皆已被斩，请求出关向河南承宣布政使司、湖广承宣布政使司进军。
才被朝廷恢复明兵部右侍郎的「陕西三边总督」官职。
紧接着南直隶流寇们攻陷了淮安府邳州睢宁县，而农民军：曹操（罗汝才）会群盗：过天星（惠登相）、托天王、十反王、整齐王（张胖子）、小秦王、混世王（马光玉）、混十万（马进忠）、革里眼（贺一龙）于河南府陕州（弘农卫），准备南走南阳府邓州内乡县、淅川县，进犯襄阳府。
让明襄忠亲王：朱翊铭，又一次发布求救信号。
9月17日，明五司总督：熊文灿，到达湖广承宣布政使司襄阳府，当即就派遣了明襄阳府总兵：龙在田，出击把流寇：革里眼（贺一龙）、射塌天（李万庆）拦截在襄阳府枣阳县双沟口巡检司。
还大破流寇军队，逼得农民军：老回回（马守应）等部东奔襄阳府枣阳县。
各路明军还追逐流寇数十里斩首六千人，夺其牛马骡万头，流寇们丢盔弃甲四处逃窜，吓得农民军：曹操（罗汝才）躲在南阳府邓州内乡县、淅山县，山中不敢出来。
明五司总督又继续檄榜给明援剿总兵：左良玉、明平虏将军：陈洪范，进军南阳府邓州淅川县招安流寇。
10月14日，东虏建奴野猪皮鞑子再次南下入侵，导致京师又戒严，明东阁大学士兼兵部尚书：杨嗣昌，力主与满清议和，打算先稳住关外，等剿灭了流寇在挥师北上。
计划本来还不错的，但是刚刚遇到父丧被调回京的主战派将领，明宣大总督：卢象升，他则认为不妥，议和有违大明的国策。
故此他带领亲兵天雄军